超级计算
hpc.nju.edu.cn
scc.nju.edu.cn
指引
欢迎您使用e-Science中心的超算服务 高性能计算集群提供了安全多样的远程登录方法，使用 SFTP、ZMODEM、云盘等多种方式可以进行数据传输。集群已集成云盘便捷同步和备份数据，如数据量巨...
校内用户超算集群申请与基本使用简明指南（2024年后新版）
2024年春节后，集群登录方式迎来较大更新，本文为翻新版简明指南。 本文将简述集群使用的基本过程，但是详细的操作和使用仍然需要仔细阅读超级计算使用说明。 一、账号获取 新用户在scc.nj...
使用手册
使用前请仔细阅读本手册
远程登录
登录方式 远程控制-登录方式 参考上述远程控制-登录方式链接内容，并合并覆盖以下内容： 账号密码 账号：集群用户名 密码：集群密码 Web Web支持图形界面xfwd、命令行界面ssh，文...
集成云盘
独立账号 高性能计算集群用户可以使用集群账号直接登录云盘，用户名为集群账号@hpc.nju.edu.cn，密码即集群账号密码；如集群账号为yaoge，用户名填写yaoge@hpc.nju.edu...
环境变量
集群使用Environment Modules以模块的形式对环境变量进行管理。在高性能计算集群系统中，安装有多种软件及其不同版本，它们需要设置不同的环境变量，Environment Module...
提交作业
集群使用作业调度系统管理所有计算作业，该系统接受用户的作业请求，并将作业合理的分配到合适的节点上运行，因此所有用户均应通过作业调度系统提交计算作业，不可直接在任何节点上直接运行。用户使用bsub...
控制作业
常用控制命令 命令 功能 bjobs 查看自己未结束的作业 bjobs -l JOBID 查看某个未结束作业的详情 bhist 查看自己已结束的历史作业 bhist -...
海量作业
作业组 为了便于管理海量的作业，可以对作业定义作业组。 作业组的名字是类似于Linux的路径名的树状结构，如作业组 /test ，而 /test/1 和 /test/2 都属于 /test 需要...
查看信息
查看队列 查看所有队列：bqueues $ bqueues QUEUE_NAME PRIO STATUS MAX JL/U JL/P JL/H NJOBS PEN...
容器化
容器技术 容器技术能够对应用及其整个运行时环境（包括全部所需文件）一起进行打包或隔离。从而可以在不同环境（如开发、测试和生产等环境）之间轻松迁移应用，同时还可保留应用的全部功能。有了容器不再需要...
常见问题
网络 登录节点进行网络接入认证 在登录节点登录校园网账号 集群中的登录节点进行网络接入认证（即登入南京大学校园网认证p.nju.edu.cn）后才可访问互联网，认证后登录节点所有用户均可访问互联...
硬件资源
计算存储等所有硬件资源详情
服务节点
管理、监控、认证、调度和登录节点均为虚拟机，CPU/RAM/SSD根据需求分配 CPU: Intel Xeon Platinum 8358 (32 Cores, 48MB Cache, 2.6...
通讯网络
骨干以太网：2*100Gb 服务网络：100Mb/1Gb Ethernet 管理网络：1/10/25/40/100Gb Ethernet 高速网络：20/40/56/100/200Gb DDR/...
计算资源
命名规则和优先级 每组计算节点均对应两个队列；标准队列和优先队列 标准队列（CPU和加速卡型号+网络类型）：所有用户都可以提交作业到这个队列进行计算； 优先队列（CPU和加速卡型号+网络类型+...
存储资源
合计 总容量：2.8 PiB 总览 高速全闪：bbfs 家目录：fsa、fs04、fs08、fs09、fs10、fs12、fs13、fs14 归档存储：/archive 表格 查看表格 ...
软件资源
部分软件资源
GNU
GNU Compiler Collection Name Path Module GNU Compiler Collection (GCC) 12.1.0 & GNU Binuti...
Intel
Intel oneAPI Name Path MODULEPATH Intel oneAPI Base Toolkit 2024.0.1Intel HPC Toolkit 2024...
NVIDIA
CUDA Toolkit Name Path Module CUDA Toolkit 12.3.1 /fs00/software/cuda/12.3.1 cuda/12.3.1 ...
AMD
AMD Optimizing C/C++ Compiler Name Path Module AMD Optimizing C/C++ Compiler 2.3.0 (AOCC) ...
Python
请使用者自行解决License问题，本中心概不负责！ Anaconda Name Path Module Anaconda 3 (Python3) Latest /fs00/sof...
Golang
Golang Name Path Module Golang 1.21.6 /fs00/software/golang/1.21.6 golang/1.21.6 Golang ...
Open MPI
Open MPI Name Compiler Path Module Open MPI 4.1.2 GNU Compiler Collection (GCC) 11.2.0 /fs...
Tcl/TK
Tcl/Tk Name Compiler Path Module Tcl/Tk 8.6.12 GNU Compiler Collection (GCC) 11.2.0 /fs00/...
计算软件
请使用者自行解决License问题，本中心概不负责！ FFTW 3.3.7 /fs00/software/fftw/3.3.7-iccifort-17.0.6-* 依赖iccifort/17.0...
VASP6 GPU 编译
VASP6 GPU（N卡） 编译实例 王勇 (孙建课题组) 人工微结构科学与技术协同创新中心高性能计算中心 根据vasp官方给出的信息，以后vasp gpu版本会着重开发openacc标准的版本...
Quantum Espresso
使用Apptainer 例：使用qe7.1版本，输入文件为当前目录下的FeO_test.in，申请1个GPU提交到723090ib队列，使用pw.x #BSUB -J FeO_test #BSU...
NAMD
NAMD 2.12 (2016-12-22) /fs00/software/namd/2.12 例：输入文件为当前目录下的in.conf，申请48个核提交到e5v3ib队列 #BSUB -n...
OOMMF
The Object Oriented MicroMagnetic Framework (OOMMF) 1.2 alpha 6 /fs00/software/oommf/12a6-tcl8.6...
Mumax3
mumax 3.10 /fs00/software/mumax/3.10-cuda11.0/ 例：输入文件为当前目录下的sample.mx3，申请1个GPU提交到723090ib队列 #BS...
支撑软件
请使用者自行解决License问题，本中心概不负责！ AWS CLI v2 Name Path Module AWS CLI current /fs00/software/aws-...
Singularity Image
/fs00/software/singularity-images/ 有丰富的官方容器镜像包
gnuplot
gnuplot Name Path Module gnuplot 5.2.7 /fs00/software/gnuplot/5.2.7 gnuplot/5.2.7 gnuplo...
OVITO
OVITO Name Path Module OVITO 3.7.12 /fs00/software/ovito/3.7.12 ovito/3.7.12 OVITO 2.9.0...
Vim
Vim Name Path Module Vim 9.0.1677 /fs00/software/vim/9.0.1677 vim/9.0.1677 Vim 8.2.0488 ...
Zsh
Name Path Module Zsh latest /fs00/software/zsh/latest zsh/latest Zsh 5.8 /fs00/software/...
AlphaFold 2
/fs00/software/alphafold/2.3.2/AlphaFold-v2.3.2.sif #BSUB -J alphafold #BSUB -q gpu #BSUB -n 16 #...
AlphaFold 3
/fs00/software/alphafold/3.0.0/AlphaFold-v3.0.0.sif 0. 基本信息 alphafold3是Google DeepMind开发的、用于生物分子复...
RoseTTAFold
/fs00/software/rosettafold/1.1.0 注意：apptainer默认会bind用户的home目录，如果用户本来就有RoseTTAFold或者folding的conda环...
ParallelFold 2
/fs00/software/parallelfold/2.0-2.3.1/ParallelFold-v2.0-with-AlphaFold-v2.3.1.sif #BSUB -J parafo...
服务门户
https://scc.nju.edu.cn
测试报告
AMD EPYC Rome VASP 测试
周健 2019.11.18 测试算例 Ruddlesden-Popper 钛酸锶 Sr4Ti3O10，305个原子。 输入文件 SYSTEM = STO PREC=A ENCUT=520 E...
Gromacs
注意：为了保证GPU性能, 在没有特殊要求的情况下，请使用2021版本的Gromacs，并用GPU计算所有的相互作用。没特殊要求的话请看第三部分。 1. Gromacs-2018.8 说明： ...
vasp6 gpu 测试
Gromacs-2021.3 (比较常用GPU队列)
4. Gromacs-2021.3 (比较常用GPU队列) 说明： 使用Singularity容器解决方案，调用/fs00/software/singularity-images/ngc_gro...
Desmond_2022-4在HPC上的表现和批量化MD操作
拳打Amber脚踢Gromacs最终攀上Desmond高峰 一、说明： 笔者在长期受到Amber、Gromacs模拟系统构建的折磨后，痛定思痛决定下载带有GUI美观、完全自动化、一键分析的D...
集群运行Numpy程序的测试实践与注意事项
你正确安装Numpy了吗？ 本测试主要使用的是某Numpy为底层的计算包，任务的核心在于求解矩阵对角化，使用的是LAPACK。计算的大头在于500次尺寸约为60000×60000的稀疏矩阵对角化...
校内用户超算集群申请与基本使用简明指南（2024年以前，已过时）
本文将简述集群使用的基本过程，但是详细的操作和使用仍然需要仔细阅读超级计算使用说明。 关于scc.nju.edu.cn和access.nju.edu.cn的信息已经过时，请阅读最新版：校内用户超...