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e-Science 中心

sci.nju.edu.cn

指引

超级计算

欢迎您使用e-Science中心的超算服务 高性能计算集群提供了安全多样的远程登录方法,使用 SFTP、ZMODEM、云盘等多种方式可以进行数据传输。集群已集成云盘便捷同步和备份数据,如数据量巨大可采用移动存储直接进行数据拷贝,主要文件数据请自行备份!注意查看组和用户的的存储配额情况,满了就无法写入数据了。 禁止在登录节点或计算节点直接运行计算程序,用户必须通过作业调度系统提交作业并控制作业,通过容器化技术可以在完全自主和隔离的环境中运行程序。海量作业需要进行优化以便管理,查看信息可见作业调度和集群等整体情况。 集...

海量作业

超级计算 使用手册

作业组 为了便于管理海量的作业,可以对作业定义作业组。 作业组的名字是类似于Linux的路径名的树状结构,如作业组 /test ,而 /test/1 和 /test/2 都属于 /test 需要注意的是作业组是全局的,创建者是这个作业组的拥有者,作业组拥有者可以对这个作业组及其子组内的所有作业进行控制(哪怕这个作业是其他人提交的,拥有者也能进行控制)。如果您不想作业被别人控制,请确保提交到的作业组从/开始拥有者都是自己。 创建作业组 bgadd /test #显式创建作业组 bsub -g /test #使用bs...

控制作业

超级计算 使用手册

常用作业控制命令 bjobs #查看自己已提交或正在运行但尚未结束的作业 bjob -l JOBID #查看某个已提交或正在运行作业的的详细信息 bhist #查看已完成历史作业 bhist -l JOBID #查看已完成历史作业的详细信息 bpeek JOBID #查看正在运行作业的标准输出 bkill JOBID #终止作业 btop JOBID #设置作业最先运行 bbot JOBID #设置作业最后运行 #仅能对自己的作业进行排序 作业依赖 一个计算任务可能分成几步,而每一步对...

查看信息

超级计算 使用手册

查看队列 查看所有队列:bqueues $ bqueues QUEUE_NAME PRIO STATUS MAX JL/U JL/P JL/H NJOBS PEND RUN SUSP x7542! 50 Open:Active - - - - 24 0 24 0 e5645! 50 Open:Active - - - - 0 0 ...

容器化

超级计算 使用手册

容器技术 容器技术能够对应用及其整个运行时环境(包括全部所需文件)一起进行打包或隔离。从而可以在不同环境(如开发、测试和生产等环境)之间轻松迁移应用,同时还可保留应用的全部功能。有了容器不再需要管理员为你安装任何东西。容器是一个独立的系统,你可以在里面做任何想做的事情。 Singularity Singularity 是一套类似于 Docker 的容器解决方案,是HPC开发的容器技术。 Singularity /fs00/software/singularity/latest Modulefile: singul...

常见问题

超级计算 使用手册

作业运行时实际占用CPU核数过多 在作业中限定使用的CPU核数与申请核数相同,或者尝试在提交作业时添加如下参数 #BSUB -R affinity[core:cpubind=core:membind=localprefer:distribute=pack] 特别是Python,有些Python包会自动满核并行的,需要使用环境变量(如 OMP_NUM_THREADS)等方式设定线程数。如果实在不行可以 #BSUB -x 独占节点运行作业。 登录节点进行网络接入认证 集群中的登录节点进行网络接入认证后即可访问互联网,...

NVIDIA

超级计算 软件资源

CUDA Toolkit Name Path Module CUDA Toolkit 11.2.0 /fs00/software/cuda/11.2.0 cuda/11.2.0 CUDA Toolkit 10.2.89 /fs00/software/cuda/10.2.89 cuda/10.2.89 CUDA Toolkit 10.1.243 /fs00/software/cuda/10.1.243 cuda/10.1.243 CUDA Toolkit 10.0.130 /fs00/sof...

服务节点

超级计算 硬件资源

管理、监控、认证、调度、备份和登录节点均为虚拟机,CPU/RAM/HDD根据需求分配 CPU: Intel Xeon E5-2680 v3 (12 Cores, 30MB Cache, 2.50 GHz, 9.6 GT/s QPI) RAM: 4 Channels, DDR4-2133 ECC RDIMM, Bandwidth: 136 GB/s Storage: Huawei Oceanstor 5500 V3, 2.5-inch 10Krpm SAS 和 2.5-inch SSD SAS 自动分层 Netwo...

提交作业

超级计算 使用手册

集群使用作业调度系统管理所有计算作业,该系统接受用户的作业请求,并将作业合理的分配到合适的节点上运行,因此所有用户均应通过作业调度系统提交计算作业,不可直接在任何节点上直接运行。用户使用bsub命令向作业调度系统提交作业,bsub选项非常繁多,可对作业进行非常细致的控制,这里简要介绍常用选项和方法。 bsub 使用方式 命令行方式 bsub [options] command [arguments] [options] 为 bsub 的选项,可以设定队列、CPU核数等 command 为计算程序,如果是 MP...

通讯网络

超级计算 硬件资源

服务网络:100Mb/1Gb Ethernet 管理网络:1/10/25/40/100Gb Ethernet 高速网络:20/40/56/100/200Gb DDR/QDR/FDR/HDR InfiniBand, 100Gb Omni-Path Architecture

计算资源

超级计算 硬件资源

命名规则和优先级 每组计算节点均对应两个队列;标准队列和优先队列 标准队列(CPU和加速卡型号+网络类型):所有用户都可以提交作业到这个队列进行计算; 优先队列(CPU和加速卡型号+网络类型+!): 公共设备的优先队列:仅用于测试用途,优先级高于标准队列,但运行时间、作业数量、核数都有限制,没有抢占。 自购设备的优先队列:只允许队列购置者提交作业,优先!队列的作业如果因为资源不足而不能运行,则会抢占标准队列作业的资源,将标准队列的作业挂起,腾出资源来运行优先!队列的作业,当作业完成后被挂起的作业会自动恢复执行。...

PyPI (Python Package Index)

私服仓库

Python 包索引(PyPI)是 Python 编程语言的软件存储库。南大源采用了阿里云,腾讯云和官方源的混合代理形式。 pip 配置指南 临时使用 pip install -i https://repo.nju.edu.cn/repository/pypi/simple [packageName] 使用此命令可以临时使用南大源下载指定包。 设置为默认源 如果想将南大源设置为默认源,则可能需要先更新 pip 版本: pip install pip -U # 更新 pip 版本 pip config set gl...

存储资源

超级计算 硬件资源

并行存储 高速全闪 /bbfs 采用全NVMe SSD构建的高性能Burst Buffer,具备极高的顺序和随机读写性能。 文件系统:bbfs 购置者:公共共享100% 可用容量:102 TiB IO节点:4*HPE ProLiant DL380 Gen10: bb01 bb02 bb03 bb04 网络:2*25 Gigabit Ethernet, 100 Gbit/s EDR InfiniBand, 100 Gbit/s Omni-Path Architecture 硬盘:7*Intel SSD DC P45...

Intel

超级计算 软件资源

Intel Parallel Studio Name Path Module Intel Parallel Studio XE 2020 Update 2 Cluster Edition /fs00/software/intel/ps2020u2 Modulefile: ips/2020u2 Intel Parallel Studio XE 2019 Update 5 Cluster Edition /fs00/software/intel/ps2019u5 Modulefile: ips/201...

GNU

超级计算 软件资源

GNU Compiler Collection Name Path Module GNU Compiler Collection (GCC) 11.2.0 /fs00/software/gcc/11.2.0/ gcc/11.2.0 GNU Compiler Collection (GCC) 10.2.0 /fs00/software/gcc/10.2.0/ gcc/10.2.0 GNU Compiler Collection (GCC) 9.2.0 /fs00/software/gcc/9.2...

AMD

超级计算 软件资源

AMD Optimizing C/C++ Compiler Name Path Module AMD Optimizing C/C++ Compiler 2.3.0 (AOCC) /fs00/software/aocc/2.3.0 aocc/2.3.0 AMD Optimizing C/C++ Compiler 2.1.0 (AOCC) /fs00/software/aocc/2.1.0 aocc/2.1.0 AMD Optimizing C/C++ Compiler 2.0.0 (AOCC)...

集成云盘

超级计算 使用手册

独立账号 高性能计算集群用户可以使用集群账号直接登录云盘,用户名为集群账号@hpc.nju.edu.cn,密码即集群账号密码;如集群账号为yaoge,用户名填写yaoge@hpc.nju.edu.cn。首次使用需要登录网页端激活账号,但集群账号不能使用云盘的上下传外链功能。 云盘上的集群账号与南京大学统一身份认证账号相互独立,如集群账号yaoge@hpc.nju.edu.cn和南京大学统一身份认证账号0102003是两个完全独立的账号,需要分别激活才能使用。 文件同步 通过云盘的多平台多终端同步功能,可将集群中的目...

远程登录

超级计算 使用手册

登录方式 首次登录 因为需要进行两步认证绑定,故首次登录必须使用Web浏览器 在计算机上使用Web浏览器访问 https://access.nju.edu.cn 账号、密码:输入用户名、密码登录 手机安装下列等支持 RFC 6238 的 TOTP 客户端APP,扫描二维码(也可手动输入),然后点击“完成绑定” Google Authenticator : App Store Google Play Microsoft Authenticator : App Store Google Play Fr...

云盘

box.nju.edu.cn

远程控制

entry.nju.edu.cn

超级计算

hpc.nju.edu.cn

协同表格

table.nju.edu.cn

开源镜像

mirror.nju.edu.cn

私服仓库

repo.nju.edu.cn

代码托管

git.nju.edu.cn

LaTeX

tex.nju.edu.cn

网络测速

test.nju.edu.cn

使用手册

超级计算

使用前请仔细阅读本手册

常见问题与解答

云盘

💡💡💡💡💡💡💡💡💡 查阅提示:在手机移动端阅读本文档,请在顶部点击 “信息” 查看目录导航。 ❌特别提示:在电脑上,桌面端(Seafile) 与 挂载盘(SeaDrive) 是二选一的客户端,不需要同时安装,更不要使用桌面端同步挂载盘缓存目录。新手更推荐 直接使用桌面端(Seafile)。 💡💡💡💡💡💡💡💡💡 云盘相关信息 服务起源 2017年底,在2011计划的支持下,人工微结构科学与技术协同创新中心开始建设云盘;2020年10月,人工微结构科学与技术协同创新中心 · e-Science 中心将云盘的使用权限开放...

软件资源

超级计算

部分软件资源

硬件资源

超级计算

计算存储等所有硬件资源详情

云盘功能简介

云盘

一些关于云盘可以干什么的简单介绍,详细使用请移步下方教程~

测试报告

超级计算

【龟速更新】云盘新手入门使用教程

云盘

充分利用云盘提高效率,你需要看这一份新手教程~

服务门户

超级计算

https://scc.nju.edu.cn

表格模板使用教程

协同表格

一些表格模板的使用教程都在这里啦

Python

超级计算 软件资源

请使用者自行解决License问题,本中心概不负责! Anaconda Name Path Module Anaconda 2 (Python2) Latest /fs00/software/anaconda/2/ anaconda/2 Anaconda 3 (Python3) Latest /fs00/software/anaconda/3/ anaconda/3 Anaconda 2.5.0 (Python 2.7) /fs00/software/anaconda/2-2.5.0/ ana...