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/fs00/software/alphafold/2.3.2/AlphaFold-v2.3.2.sif #BSUB -J alphafold #BSUB -q gpu #BSUB -n 16 #BSUB -gpu num=1 export OMP_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC" export MKL_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC" ALPHAFOLD_DATADIR=/fsb/data/alphafold/2 ALPHAFOLD_IMAGE=Alp...

/fs00/software/alphafold/3.0.0/AlphaFold-v3.0.0.sif 0. 基本信息 alphafold3是Google DeepMind开发的、用于生物分子复合体结构预测的人工智能模型，该模型接受一个json形式的、用于描述生物分子体系的文件，输出预测结构与置信度打分信息。结构预测过程主要分为两步： data pipeline: 在一定参数控制下，基于输入的序列信息进行生物信息学搜索，得到结构预测所需的共进化信息 (multi-sequence alginment, msa) ...

/fs00/software/rosettafold/1.1.0 注意：apptainer默认会bind用户的home目录，如果用户本来就有RoseTTAFold或者folding的conda环境则可能会发生冲突。用户可通过添加--no-home选项避免此问题。 #BSUB -J RoseTTAFold #BSUB -q gpu #BSUB -n 8 #BSUB -gpu num=1 ###### Configurie Numpy threads ###### export OMP_NUM_THREADS="...

/fs00/software/parallelfold/2.0-2.3.1/ParallelFold-v2.0-with-AlphaFold-v2.3.1.sif #BSUB -J parafold #BSUB -q gpu #BSUB -n 16 #BSUB -gpu num=1 export OMP_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC" export MKL_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC" ALPHAFOLD_DATADIR=/fsb/data/al...

协同表格的Python自动化脚本运行在容器内，该容器内预装的主要Python模块如下： 模块名 用途描述 cn2an 用于将中文数字转换为阿拉伯数字，反之亦然。 cryptography 提供加密算法、哈希、签名等加密功能的全面库。 numpy Python的核心科学计算库，支持大规模数组和矩阵的运算。 pandas 强大的数据分析与处理库，支持DataFrame等灵活的数据结构。 pdfmerge 用于合并多个PDF文件的工具库。 pillow 图像处理库，扩展了Python I...

大容量冷存储，数据实时访问。 stor.nju.edu.cn 访问方式 FTP ftp://stor.nju.edu.cn ftpes://stor.nju.edu.cn 协议：FTP 主机：stor.nju.edu.cn（IPv4/IPv6） 端口：21（默认） 传输支持被动模式（PASV）和主动模式（PORT），上传下载均支持断点续传（REST） 安全：显式TLS（Explicit FTPS） 证书：由权威CA签发RSA/ECC双证书 加密：控制通道强制TLS，数据通道可选TLS TLS版本：TLSv1.2 ...

大容量温存储，云盘数据实时访问。 box.nju.edu.cn 访问协议 WEB https://box.nju.edu.cn 客户端 官方同步客户端（桌面/命令行） 官方挂载盘客户端（桌面/命令行） 第三方客户端（如rclone等） 快照 文件上传即产生历史版本和快照，所有版本、快照和回收站均保留180天。 基本配置 前端系统业务系统为云平台。后端用户数据存储为对象存储。 可靠性 设备存放于南京大学鼓楼校区唐仲英楼，与eScience中心其它服务在同一个机房，数据不出校。 机房双路市电、冗余UPS和空调，计...

说明 可以为一个或一批协同表格账号的容量扩容，仅超出个人账号免费容量的额外部分收费。 如何扩容 由学校教职工发邮件给 yaoge@nju.edu.cn 申请扩容，列明姓名/学工号和申请扩容的容量（以GB或TB计），开通成功后会收到邮件回复，并且登录南大表格可以查询到相关信息。 收费 个人扩容需收费，参照收费办法中云盘存储（0.00329元/GB/天≈1200元/TB/年），根据校内转账说明缴费。

大容量温存储，数据实时访问。 s3.nju.edu.cn 正在规划升级中，升级后容量更大、性能更好 访问方式 S3 http://s3.nju.edu.cn https://s3.nju.edu.cn 主要用途 业务数据 这里可以为支持S3的业务直接提供存储服务。 归档备份 这里可以用于扩展存储空间，保存访问频率极低的历史冷数据。 这里可以用于存放备份数据，应对本地软硬件故障和勒索病毒。 数据传输 这里可以与校内外共享交换数据，协作科研。 基本配置 裸容量：2.12 PB 系统：紫光西部数据 UniverStor...

海量数据长期保留，解冻后才可访问。 规划中……

联系方式 姓名：姚舸 电话：025-83621186 邮箱：yaoge@nju.edu.cn

e-Science 中心提供增值的计算、存储、托管等服务，为合理资源使用收取一定费用，以下皆为校内价格，校外均按照两倍计算。 计算存储资源服务 集群计算资源和存储资源须要付费使用，收费标准如下： CPU机时 按照用户作业占用的CPU核*时收费，独占作业按照占用节点的所有CPU核收费，排队时间不收费。 队列 元/核/小时 e52643tgb e52692v2ib e52680v3ib e5v3ib e52630v4 e52640v4 e52650v4 e52680v4ib e52682v4opa e74...

南京大学 VPN 使用南京大学统一身份认证账号、密码登录南京大学VPN 南京大学VPN使用方法参考信息化建设管理服务中心网站 eScience中心 VPN 从官网(中文) 官网(English)下载安装对应的 VPN 客户端 服务器：cm.yaoge123.cn 端口：8443 用户名、密码：南京大学统一身份认证账号、密码 登录后仅能通过此VPN访问eScience中心的公开服务

密码管理服务介绍 网址与定位 访问地址: https://pass.nju.edu.cn 服务定位: 本服务由南京大学eScience中心提供，作为eScience中心各服务两步认证功能的配套服务，用于增强中心各服务的安全防护能力。通过集中管理密码，鼓励使用高强度密码，助力师生便捷实现账户安全管理。 注: 当前服务处于测试阶段，功能持续优化中，欢迎师生通过反馈渠道提出建议。 数据存储与安全性 数据存放位置: 所有用户密码数据均存储于南京大学鼓楼校区唐仲英楼本地服务器，遵循相关数据管理规定，确保数据...

主要功能 复杂密码生成 内置生成器可创建符合各平台复杂度要求的密码。 自动填充 配合客户端或插件，支持便捷填写复杂密码。 安全检测 帮助用户对密码安全性进行检查，提高安全意识。 两步认证同步 绑定一次两步认证，在所有设备上同步使用，不再担心设备丢失或更新带来的两步认证丢失。 通行密钥（Passkey） 客户端、插件支持FIDO2安全密钥、生物识别等无密码登录方式。 组织与共享 可创建组织并分级授权，安全共享密码或其他密钥给课题组或协作团队。 客户端下载 桌面客户端 官方地址：https://bitwa...

再次提醒，如果用户忘记主密码，管理员也无权解开该用户的密码。 紧急访问 服务支持“紧急访问”功能，设置后可以在你无法登入该账户时，通过另一个被授权的账户紧急访问你的密码。紧急访问有两种权限：查看和接管。这两种权限的区别在于： 查看：被授权用户（紧急联系人）有权限查看你的密码库 接管：被授权用户（紧急联系人）可以直接修改你的密码，从而登录你的账户 紧急访问的设置流程如下： A在“紧急访问”向B发起设置为紧急联系人的邀请并设置权限和自动批准时长n天。 B收到邮件同意邀请。 A在“紧急访问”确认B为紧急联系人。 B...

在现代教育环境中，高效地管理作业收集、批改和评分是每位教师的重要任务。eScience中心提供的协同表格是一个强大、灵活的工具，可以帮助教师或助教轻松实现这一目标。 本文将介绍如何使用协同表格的作业收集评分表。 从模板创建 点击从模板创建，选择 “教学与学习-作业收集评分表（新版）” 并创建。 配置应用角色 进入表格后，无需做任何调整，直接点击界面右上角的 “应用”。 这里已经有个 “作业提交系统” 创建完毕了。鼠标移动到这一行，点击右侧的笔状图标进行编辑。 进入编辑页面，如下图： 该应用有三个页面，预期...

背景 /fs04、/fs08、/fs09、/fs10、/fs12、/fs13、/fs14均已使用超过9年，最长的已经使用12年，均已过保 上述存储运行时间长故障率高，因年代久远部分配件很难获取，均存在较高的数据丢失风险。 新存储 新存储已经上线，可用容量1264TiB 新存储挂载于/fsb，用户目录形式为/fsb/home/<groupname>/<usrename> 迁移建议 /fs04、/fs08、/fs09、/fs10、/fs12、/fs13、/fs14强烈建议迁移至/fsb /bbfs/data ...