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Gromacs-2021.3 (比较常用GPU队列)
4. Gromacs-2021.3 (比较常用GPU队列) 说明: 使用Singularity容器解决方案,调用/fs00/software/singularity-images/ngc_gromacs_2021.3.sif完成Gromacs的能量最小化(em)、平衡模拟(nvt、npt)以及成品模拟(md)在公共共享100%GPU队列722080tiib、72rtxib、723090ib的表现。 队列情况: 队列 节点数 每节点CPU 每节点内存(GB) 平均每核内存(GB) CPU主频(GHz) 每节点G...
Mumax3
mumax 3.10 /fs00/software/mumax/3.10-cuda11.0/ 例:输入文件为当前目录下的sample.mx3,申请1个GPU提交到723090ib队列 #BSUB -q 723090ib #BSUB -gpu num=1 mx3in=sample.mx3 module load cuda/11.2.0 /fs00/software/mumax/3.10-cuda11.0/mumax3 $mx3in
最大限制
类别 限制项 限制数量 额外说明 表格 表格中行数量 10万 超过10万行不能添加新行(大数据数据不在此限制) 表格中行数量上限 15万 超过15万行表格不能加载 大数据存储行数量 无限制 表格中子表数量 200 子表中列数量 500 外链数量 100 视图外链数量 100 外部应用数量 100 表单数量 100 共享给用户数量 2000 协作人加载数量 500 外部应用账号加载数量 100 API 操作 单次操...
公共卫生教职工入校名单(OCR识别)
由于学校疫情防控需要,为便利教职工入校名单收集工作,人工微结构科学与技术协同创新中心eScience中心与计算机科学与技术系的团队合作,依托中心的计算资源制作了含截图识别的表格模板系统。 表格包含功能有: 表单收集入校教职工信息和行程卡截图 自动识别行程卡截图时间、手机号码、途径城市、是否带有星号 使用本模板,需要进行一些基本配置才能发挥完整功能。 使用模板 进入table.nju.edu.cn,访问模板。 在模板内找到 “健康-公共卫生教职工入校名单(OCR识别)” ,点击打开并使用模板。 表格配置 发放...
表格迁移
由于协同表格服务的账户采用南京大学统一身份认证,因此如果统一身份认证账户因为毕业离职或身份变更被停用,表格也无法登录了。不少用户问:如果我离开南大了,再也登不了我的协同表格账户,我的表格怎么办? 由于当前协同表格尚未实现自助迁移功能,您可以选择下列方式之一来处理该情况: 方案一:在群组内创建表格 需要日常注意在群组内创建表格,而非通过“共享给群组”或“共享给用户”将表格共享给别人。前者属于群组的表格,可以通过自助转让群组来交接给他人;后者表格仍然属于个人且不支持自助迁移。 通过在群组内创建表格,用群组管理来实现表...
共享协作
如何共享协作 TeX服务支持校内外协作共享,并且如果你正在使用南京大学旗舰版,那么你与对方共享的这个项目也会同样具有旗舰版的功能。 共享可以通过链接和邮箱分享两种方式。 协作中的旗舰版功能说明 当用户A拥有的项目与任何一个用户B共享时,该项目的旗舰版功能由用户A管理。 例如,用户A在自己的项目内没有打开旗舰版的Git同步功能 则用户B处该功能无法使用: 如果用户A打开了此功能,则用户B处自然可以使用它。
Tcl/TK
Tcl/Tk Name Compiler Path Module Tcl/Tk 8.6.12 GNU Compiler Collection (GCC) 11.2.0 /fs00/software/tcl/8.6.12-gcc11.2.0 tcl/8.6.12-gcc11.2.0 Tcl/Tk 8.6.6 Intel Parallel Studio XE 2017 Update 2 /fs00/software/tcl/8.6.6-ips2017u2 tcl/8.6.6-ips2017u2 T...
OVITO
OVITO Name Path Module OVITO 3.7.12 /fs00/software/ovito/3.7.12 ovito/3.7.12 OVITO 2.9.0 /fs00/software/ovito/2.9.0 ovito/2.9.0
Singularity Image
/fs00/software/singularity-images/ 有丰富的官方容器镜像包
Desmond_2022-4在HPC上的表现和批量化MD操作
拳打Amber脚踢Gromacs最终攀上Desmond高峰 一、说明: 笔者在长期受到Amber、Gromacs模拟系统构建的折磨后,痛定思痛决定下载带有GUI美观、完全自动化、一键分析的Desmond。上海科技大学Wang-Lin搭建了Schrödinger中文社区微信群(公众号:蛋白矿工),实现了使用者的互相交流和问答摘录整理,并就Schrödinger软件的使用编写了大量实用脚本。 基于命令行操作的Amber代码包非常适合生物分子体系的模拟,包括AmberTools、Amber两部分。前者免费,但提升生...
K8s
Kubernetes's container image registry registry.k8s.io 将 registry.k8s.io 替换为 k8s.nju.edu.cn 即可。 如 docker pull registry.k8s.io/busybox 替换为 docker pull k8s.nju.edu.cn/busybox
Vim
Vim Name Path Module Vim 9.0.1677 /fs00/software/vim/9.0.1677 vim/9.0.1677 Vim 8.2.0488 /fs00/software/vim/8.2.0488 vim/8.2.0488 Vim 8.1 /fs00/software/vim/8.1 vim/8.1
GLCR
GitLab Container Registry registry.gitlab.com 将 registry.gitlab.com 替换为 glcr.nju.edu.cn 即可。 如 docker pull registry.gitlab.com/pipeline-components/yamllint 替换为 docker pull glcr.nju.edu.cn/pipeline-components/yamllint
常见问题与解答
💡💡💡💡💡💡💡💡💡 查阅提示:在手机移动端阅读本文档,请在顶部点击 “信息” 查看目录导航。 💡💡💡💡💡💡💡💡💡 协同表格相关信息 服务起源 2020年底,在2011计划的支持下,人工微结构科学与技术协同创新中心开始建设协同表格。 如何登录 协同表格网址是table.nju.edu.cn,使用南京大学统一身份认证的用户名密码登录(登录oa.nju.edu.cn或ecard.nju.edu.cn使用的,也可登录南京大学统一身份认证平台进行设置)。 注意事项 修改邮箱、修改密码、忘记密码请在南京大学统一身份认证平台操...
归档存储
大容量冷存储,数据实时访问。 stor.nju.edu.cn 访问方式 FTP ftp://stor.nju.edu.cn ftpes://stor.nju.edu.cn 协议:FTP 主机:stor.nju.edu.cn(IPv4/IPv6) 端口:21(默认) 安全:显式TLS(Explicit FTPS) 加密:控制通道强制TLS,数据通道可选TLS 传输支持被动模式(PASV)和主动模式(PORT),上传下载均支持断点续传(REST) WEB https://stor.nju.edu.cn 需要公开发布...
云盘
大容量温存储,云盘数据实时访问。 详见云盘 box.nju.edu.cn 访问协议 WEB https://box.nju.edu.cn 客户端 官方同步客户端(桌面/命令行) 官方挂载盘客户端(桌面/命令行) 第三方客户端(如rclone等) 快照 文件上传即产生历史版本和快照,所有版本、快照和回收站均保留180天。 基本配置 保护:RAID6 和 EC 15+4/6+4 数据持久性:系统业务存储采用8+2分散式RAID全闪存储,重建极快。估算数据持久性为99.999999999999%(14个9)。用户数...
个人扩容
说明 可以为一个或一批协同表格账号的容量扩容,仅超出个人账号免费容量的额外部分收费。 如何扩容 由学校教职工发邮件给 yaoge@nju.edu.cn 申请扩容,列明姓名/学工号和申请扩容的容量(以GB或TB计),开通成功后会收到邮件回复,并且登录南大表格可以查询到相关信息。 收费 个人扩容需收费,参照收费办法中云盘存储(0.00329元/GB/天≈1200元/TB/年),根据校内转账说明缴费。
对象存储
大容量温存储,数据实时访问。 因当前该存储空间和性能均严重不足,暂停新增服务,待设备更新后再开放。
深冷存储
海量数据长期保留,解冻后才可访问。 规划中……
开通服务
请联系: 姓名:姚舸 电话:025-83621186 邮箱:yaoge@nju.edu.cn