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有时候我们在唐楼HPC上计算任务，想要较为准确地知道当前计算进展（例如，刚刚提交或者计算结束，又或者多个计算阶段到哪了），但是面临一堆Output文件不停cat、grep、bpeek很不优雅…… 为了比较准确知道自己的作业当前的状态，有很多种方法，集群用户大多是这三种做法： 方法一（千万别这么干系列）：自己写个无限循环的脚本不停查询然后维持校园网外网访问，检测到后通过SMTP给自己发邮件。作为eScience高性能计算交流群的年更节目，此方法几乎没有任何优点，不仅浪费一个校园网终端、邮件有概率被过滤、浪费大量登...

你正确安装Numpy了吗？ 本测试主要使用的是某Numpy为底层的计算包，任务的核心在于求解矩阵对角化，使用的是LAPACK。计算的大头在于500次尺寸约为60000×60000的稀疏矩阵对角化计算。 从不同渠道安装的Numpy，其所使用的LAPACK优化可能并不一样，在不同的硬件上性能表现也大不相同。常见的优化有MKL、OpenBLAS和ATLAS，其中通常说来Intel的CPU上跑MKL会更快一些。 一般来说，不考虑指定渠道，默认情况下 conda install numpy 从Anaconda下载安装会根据...

在线TeX支持单向同步至第三方云盘。 设置同步网盘 在在线TeX的“我的账号”内，点击“网盘同步”功能，目前提供了两种同步方式： WebDAV（Box云盘支持） 百度网盘 WebDAV 我们以Box云盘，或者说 Seafile 为例，其他支持 WebDAV 的云盘类似。 熟悉 Box 云盘 WebDAV 的用户应该会发现，下列操作其实和 Zotero 的 WebDAV 设置类似。 创建资料库 首先，创建一个名为texpage（只能是这个名字）的资料库： 设置 WebDAV 密码 然后点击账户头像，在设置...

TexPage 官方文档 见： TeXPage 官方教程

很多时候，为了更好地分配资源，我们需要有这样一个系统应用： 能够让大家提前提交预约，并且具体到实名 能够让大家方便地查看/查询当前预约状况，以便自行安排预约 能够对预约做出一些限制 能够根据不同单位、不同会议室/设备分类计费 这样的需求，单纯的问卷形式传统表单收集是做不到的。而数据收集表虽然可以创建，整体的填写体验却不佳，也做不到判断填写是否有效。 如何将多种数据查看手段、数据收集手段，有机地结合起来，并赋以自动化？协同表格的通用应用、脚本、自动化规则综合使用，便是一种极好的方式。 本模板现在已经率先应用...

2024年春节后，集群登录方式迎来较大更新，本文为翻新版简明指南。 本文将简述集群使用的基本过程，但是详细的操作和使用仍然需要仔细阅读超级计算使用说明。 一、账号获取 新用户在scc.nju.edu.cn首页点击注册账户。 无论校内还是校外用户，均正常按照流程注册： 填写表单，用户组名称输入所在课题组的用户组名（不知道就去问课题组里），提交申请； 组长（即课题组里负责审批的人，如果不清楚也问组里）登录scc.nju.edu.cn自助审批新用户，通过后账号立刻生效，即可使用。 新用户再次登入scc....

开放资料库为一个特殊的资料库，含有常用文件模板、字体、图像资源，所有云盘用户均可直接在box.nju.edu.cn访问、下载。 访问资料库 网页版入口（需登录）：南京大学开放资料库 客户端入口（需安装有Seafile桌面版客户端并登录）：南京大学开放资料库 申请放置资源 如果您是版权所有者，希望将您合适的高质量内容放置在此（例如：文档模板、常用文件资源、南京大学相关的高清摄影或视频素材等），以分享给全校访问，请联系姚舸老师：yaoge@nju.edu.cn。 如果您对此开放资料库有其他建议或想法，也可以加入用户QQ...

欢迎您使用box.nju.edu.cn服务~ Box云盘是在南京大学本地部署的 Seafile 企业版（下文若提及“Box云盘”，则特指南京大学本地部署版本，即box.nju.edu.cn），由人工微结构科学与技术协同创新中心·eScience中心提供服务。 Box云盘是一个强大的工具，但要用好需要花一些时间学习。本文会为您总结您可以从何处学习云盘的使用，以及获取配套的相关资源。 使用方式 Box云盘网页版：box.nju.edu.cn，服务范围内师生或唐楼超算用户登录即可使用。 除此之外，Box云盘也有各种系统版...

/fs00/software/alphafold/2.3.2/AlphaFold-v2.3.2.sif #BSUB -J alphafold #BSUB -q gpu #BSUB -n 16 #BSUB -gpu num=1 export OMP_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC" export MKL_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC" ALPHAFOLD_DATADIR=/bbfs/data/alphafold/2 ALPHAFOLD_IMAGE=Al...

/fs00/software/alphafold/3.0.0/AlphaFold-v3.0.0.sif 0. 基本信息 alphafold3是Google DeepMind开发的、用于生物分子复合体结构预测的人工智能模型，该模型接受一个json形式的、用于描述生物分子体系的文件，输出预测结构与置信度打分信息。结构预测过程主要分为两步： data pipeline: 在一定参数控制下，基于输入的序列信息进行生物信息学搜索，得到结构预测所需的共进化信息 (multi-sequence alginment, msa) ...

/fs00/software/rosettafold/1.1.0 注意：apptainer默认会bind用户的home目录，如果用户本来就有RoseTTAFold或者folding的conda环境则可能会发生冲突。用户可通过添加--no-home选项避免此问题。 #BSUB -J RoseTTAFold #BSUB -q gpu #BSUB -n 8 #BSUB -gpu num=1 ###### Configurie Numpy threads ###### export OMP_NUM_THREADS="...

/fs00/software/parallelfold/2.0-2.3.1/ParallelFold-v2.0-with-AlphaFold-v2.3.1.sif #BSUB -J parafold #BSUB -q gpu #BSUB -n 16 #BSUB -gpu num=1 export OMP_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC" export MKL_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC" ALPHAFOLD_DATADIR=/bbfs/data/a...

协同表格的Python自动化脚本运行在容器内，该容器内预装的主要Python模块如下： 模块名 用途描述 cn2an 用于将中文数字转换为阿拉伯数字，反之亦然。 cryptography 提供加密算法、哈希、签名等加密功能的全面库。 numpy Python的核心科学计算库，支持大规模数组和矩阵的运算。 pandas 强大的数据分析与处理库，支持DataFrame等灵活的数据结构。 pdfmerge 用于合并多个PDF文件的工具库。 pillow 图像处理库，扩展了Python I...