Gromacs
Gromacs-2018.8
说明：
Gromacs使用CPU计算成键相互作用，使用GPU计算非键相互作用。
编译环境：
gcc/7.4.0
cmake/3.16.3
ips/2017u2
fftw/3.3.7-iccifort-17.0.6-avx2
cuda/10.0.130
软件信息：
GROMACS version: 2018.8
Precision: single
Memory model: 64 bit
MPI library: MPI
OpenMP support: enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 64)
GPU support: CUDA
SIMD instructions: AVX2_256
FFT library: fftw-3.3.7-avx2-avx2_128
CUDA driver: 11.40
CUDA runtime: 10.0
测试算例：
ATOM 102808(464 residues, 9nt DNA, 31709 SOL, 94 NA, 94 CL)
nsteps = 25000000 ;50 ns
eScience中心GPU测试： 所有GPU节点使用单个GPU进行模拟。
Gromacs-2021.3
说明：
使用的是集群自带的容器化(singularity)的gromacs-2021.3. Gromacs使用CPU计算成键相互作用，使用GPU计算非键相互作用。
文件位置
/fs00/software/singularity-images/ngc_gromacs_2021.3.sif
提交代码
#BSUB -q GPU_QUEUE
#BSUB -gpu "num=1"
module load singlarity/latest
export OMP_NUM_THREADS=`echo $LSB_HOSTS | awk '{print NF}'`
SINGULARITY="singularity run --nv /fs00/software/singularity-images/ngc_gromacs_2021.3.sif"
${SINGULARITY} GMX_COMMAND
软件信息：
GROMACS version: 2021.3-dev-20210818-11266ae-dirty-unknown
Precision: mixed
Memory model: 64 bit
MPI library: thread_mpi
OpenMP support: enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 64)
GPU support: CUDA
SIMD instructions: AVX2_256
FFT library: fftw-3.3.9-sse2-avx-avx2-avx2_128-avx512
CUDA driver: 11.20
CUDA runtime: 11.40
测试算例：
ATOM 102808(464 residues, 9nt DNA, 31709 SOL, 94 NA, 94 CL)
nsteps = 25000000 ;50 ns
eScience中心GPU测试： 所有GPU节点使用单个GPU进行模拟。
结论：
- Gromacs在a100上表现非凡，在723090ib, 722080tiib, 72rtxib上的表现差不多。
- Gromacs2021相对于Gromacs2018在所有的GPU节点上都有明显的提升，特别是723090ib变化最为明显。这种差异可能来自于Gromacs本省或者cuda版本的提升。此外，在Gromacs2021和Gromac2018在CPU的表现上没有差别。
补充信息
每个GPU队列带有的CPU核数：
QUEUE
CORE
Queue
CPU Core
72rtxib
4
722080tiib
4
723090ib
6
62v100ib
5
83a100ib
8
62v100ib
5