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常见问题

网络

登录节点进行网络接入认证

集群中的登录节点进行网络接入认证后即可访问互联网,认证后登录节点所有用户均可访问互联网,请注意网络安全!。

命令行登录和登出p.nju.edu.cn的方法有:

curl -X POST https://p.nju.edu.cn/api/portal/v1/login -H "Content-type: application/json" -d '{"username":"<username>","password":"<password>"}'
curl -X POST https://p.nju.edu.cn/api/portal/v1/logout -H "Content-type: application/json" -d '{}'
curl -s "http://p2.nju.edu.cn/portal_io/login?username=<username>&password=<password>"
curl -s http://p2.nju.edu.cn/portal_io/logout

计算节点访问网络

所有计算节点均不能自由无限制的访问外网(含校园网和互联网),如需访问可以单独申请开放。当前已经放开的网络访问

SSH/SFTP登录时报 no matching host key type found

SSH/SFTP登录时报错no matching host key type found. Their offer: ssh-rsa,ssh-dss,命令行添加选项-o HostKeyAlgorithms=+ssh-rsa或在~/.ssh/config中增加HostKeyAlgorithms +ssh-rsa

安装

pip安装包到自己的目录下

Python的大多数包不需要root权限也能安装,只需在pip install后加-t指定安装目录即可,如:

cd scikit-opt-master
pip install -t $HOME .

这样就装到自己的家目录下。在~/.bashrc里或者作业脚本中加上环境变量

export PYTHONPATH=$HOME:$PYTHONPATH

作业

作业运行时实际占用CPU核数过多

在作业中限定使用的CPU核数与申请核数相同,或者尝试在提交否则超过申请核数使用资源的作业时添加如下参数会被杀掉。

#BSUB -R affinity[core:cpubind=core:membind=localprefer:distribute=pack]

特别是Python,有些很多Python包会自动核并行计算,需要使用环境变量(如 OMP_NUM_THREADSMKL_NUM_THREADSOPENBLAS_NUM_THREADSMULTIPROCESSING)等方式设定线程数,与进程数一起匹配申请的核数

如果实在不行可以 #BSUB -x 独占节点运行作业。也可以尝试在提交作业时添加如下参数,做CPU亲和绑定

#BSUB -R affinity[core:cpubind=core:membind=localprefer:distribute=pack]

排队作业数上限

动态限制用户排队作业数不能超过MAX(1000,MIN((30000-总作业数)/10,(20000-总排队作业数)/6))

即用户排队作业数,不超过三万减去总作业数的十分之一,也不超过二万减去总排队作业数的六分之一,但保底一千个。