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周健 2019.11.18 测试算例 Ruddlesden-Popper 钛酸锶 Sr4Ti3O10，305个原子。 输入文件 SYSTEM = STO PREC=A ENCUT=520 EDIFF=1E-6 ADDGRID=.T. ISMEAR= 1 SIGMA=0.2 LWAVE=.F. LCHARG=.F. NELMIN=4 NELM=100 LREAL=Auto K-Points 0 Gamma 2 2 1 0 0 0 eScience中心测试，软件版本：VASP5.4.4 Int...

注意：为了保证GPU性能, 在没有特殊要求的情况下，请使用2021版本的Gromacs，并用GPU计算所有的相互作用。没特殊要求的话请看第三部分。 1. Gromacs-2018.8 说明： Gromacs使用CPU计算成键相互作用，使用GPU计算非键相互作用。 编译环境： gcc/7.4.0 cmake/3.16.3 ips/2017u2 fftw/3.3.7-iccifort-17.0.6-avx2 cuda/10.0.130 软件信息： GROMACS version: 2018.8 Precisi...

VASP6 GPU（N卡） 编译实例 王勇 (孙建课题组) 人工微结构科学与技术协同创新中心高性能计算中心 根据vasp官方给出的信息，以后vasp gpu版本会着重开发openacc标准的版本，之前老cuda版本会逐渐被废弃，因此我们以vasp6.2 的openacc版本结合官方指导进行编译。 官方指导链接 https://www.vasp.at/wiki/index.php/OpenACC_GPU_port_of_VASP 编译器： Openacc gpu Vasp6官方给出编译器意见为使用NVIDIA HP...

域名： mirror.nju.edu.cn mirrors.nju.edu.cn 服务： 服务 端口 HTTP 80 HTTPS 443 RSYNC 873

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注册账号 第一次使用，必须浏览器打开 https://tex.nju.edu.cn 点击“南京大学统一身份认证登录” 在“南京大学统一身份认证”界面，扫码或输入统一身份认证账号密码登录 如果出现下方情况，可能已经登录上了，这个时候你可以重新进入tex.nju.edu.cn，并且重新点击“南京大学统一身份认证登录”即可进入账号 修改用户名与绑定邮箱 右上角点击默认的用户名（姓名），进入“我的账号” 在此处可以修改用户名，或者绑定邮箱，这里提供了两个选项： 添加邮箱（该邮箱未在texpage注册过） ...

互联网测速 IPv4: http://test.nju.edu.cn IPv6: http://test6.nju.edu.cn 南京大学校园网（校内）和互联网（校外）均可访问 提供HTTP和HTTPS，HTTPS加解密有性能损失可能降低测速结果 如IPv6存在问题则无法访问test6.nju.edu.cn 校园网测速 IPv4: http://speed.nju.edu.cn IPv6: http://speed6.nju.edu.cn 仅南京大学校园网（校内）可访问 仅提供HTTP，无HTTPS 如IPv...

部门群组 说明 部门群组是一种特殊的群组，其中的资料库属于群组而不属于个人、占用部门的空间而不占用个人的空间，这样所有的资料库就是和群组关联与个人无关，详见云盘的帮助。 如何开通 由学校教职工发邮件给 yaoge@nju.edu.cn 申请开通，注明院系部门/姓名/工资号和申请的容量（以TB计），开通成功后会收到邮件回复，并且登录南大表格可以查询到相关信息。 个人扩容 说明 可以为一个或一批云盘账号的空间扩容，仅超出个人账号免费容量的额外空间部分收费。 如何开通 由学校教职工发邮件给 yaoge@nju.edu.c...

组一般对应课题组，用户则对应每个人。因涉及到收费，组长一般为教职工（如PI、导师），组员一般为学生或老师。 组长可自助审批组员账号，通过后账号立刻生效，即可使用。组长还可以禁用启用组员账号，被禁用的账号不能远程登录集群和服务门户，被禁用账号的数据和作业不受影响。 申请新组 新组长首页点击申请组 南京大学校内人员请绑定统一身份认证； 填写表单，提交申请； 与管理员联系，等待审批。 申请组员 新用户在首页点击注册账户 南京大学校内人员请绑定统一身份认证； 填写表单，用户组输入Linux Group Name，...

使用集群的用户名密码登录中心主持研发的HPC服务门户，在集群上没有账号的使用门户的用户名密码登录。

Linux 在配置文件 /etc/docker/daemon.json 中加入： { "registry-mirrors": ["https://docker.nju.edu.cn/"] } 重新启动 docker： sudo systemctl restart docker.service 命令行执行 docker info，如果从输出中看到如下内容，说明配置成功。 Registry Mirrors: https://docker.nju.edu.cn/ macOS...

NVIDIA NGC Catalog nvcr.io 将 nvcr.io 替换为 nvcr.nju.edu.cn 或 ngc.nju.edu.cn 即可。 如 docker pull nvcr.io/nvidia/cuda 替换为 docker pull nvcr.nju.edu.cn/nvidia/cuda

Quay Container Registry quay.io 将 quay.io 替换为 quay.nju.edu.cn 即可。 如 docker pull quay.io/prometheus/prometheus:latest 替换为 docker pull quay.nju.edu.cn/prometheus/prometheus:latest

Github Container Registry ghcr.io 将 ghcr.io 替换为 ghcr.nju.edu.cn 即可。 如 docker pull ghcr.io/github/super-linter:latest 替换为 docker pull ghcr.nju.edu.cn/github/super-linter:latest

Google Container Registry gcr.io 将 gcr.io 替换为 gcr.nju.edu.cn 即可。 如 docker pull gcr.io/cadvisor/cadvisor:v0.39.3 替换为 docker pull gcr.nju.edu.cn/cadvisor/cadvisor:v0.39.3 k8s.gcr.io 将 k8s.gcr.io 替换为 gcr.nju.edu.cn/google-containers 即可。 如 docker pull k8s.gcr.io...

Golang Name Path Module Golang 1.21.6 /fs00/software/golang/1.21.6 golang/1.21.6 Golang 1.19.5 /fs00/software/golang/1.19.5 golang/1.19.5 Golang 1.18.10 /fs00/software/golang/1.18.7 golang/1.18.10 Golang 1.17.13 /fs00/software/golang/1.17.13 golan...

Name Path Module Zsh latest /fs00/software/zsh/latest zsh/latest Zsh 5.8 /fs00/software/zsh/5.8 zsh/5.8 或从镜像站下载编译安装 Environment Modules 添加 Environment Modules 至 Zsh echo "source /fs00/software/modules/latest/init/profile.sh" >> ~/.zshrc 命令行提示符 因登...

集群使用Environment Modules以模块的形式对环境变量进行管理。在高性能计算集群系统中，安装有多种软件及其不同版本，它们需要设置不同的环境变量，Environment Module可以将这些环境变量做成模块文件（modulefile）。模块可以被加载(load)、卸载(unload)、切换(switch)等，这些操作会改变相应的环境变量设置，让用户方便的在不同环境之间切换。相比将环境变量设置写入/etc/profile、~/.bashrc或~/.bash_profile，Environment Mod...

注册分为两部分，资产注册是添加远程控制的计算机，用户注册是添加远程控制的用户，这些用户都可以远程控制这些计算机，所有表单都需要教职工填写！填写完成后请给 yaoge@nju.edu.cn 发邮件。 资产注册 由教职工填写资产表单，填写完成后可以在资产列表中查看。 用户注册 由教职工填写用户表单，填写完成后可以在用户列表中查看。