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Gromacs

#Gromacs-

Gromacs-2018.8

说明：

Gromacs使用CPU计算成键相互作用，使用GPU计算非键相互作用。

编译环境：

gcc/7.4.0
cmake/3.16.3
ips/2017u2
fftw/3.3.7-iccifort-17.0.6-avx2
cuda/10.0.130

软件信息：

GROMACS version:    2018.8
Precision:          single
Memory model:       64 bit
MPI library:        MPI
OpenMP support:     enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 64)
GPU support:        CUDA
SIMD instructions:  AVX2_256
FFT library:        fftw-3.3.7-avx2-avx2_128
CUDA driver:        11.40
CUDA runtime:       10.0

测试算例：

ATOM  102808(464 residues, 9nt DNA, 31709 SOL, 94 NA, 94 CL)
nsteps      = 25000000     ;50 ns

eScience中心GPU测试： 所有GPU节点使用单个GPU进行模拟。 gromacs2010.png

Gromacs-2021.3

说明：

使用的是集群自带的容器化(singularity)的gromacs-2021.3. Gromacs使用CPU计算成键相互作用，使用GPU计算非键相互作用。

文件地址：

位置

/fs00/software/singularity-images/ngc_gromacs_2021.3.sif

提交命令：

代码

    #BSUB -q GPU_QUEUE
#BSUB -gpu "num=1"
module load singlarity/latest
export OMP_NUM_THREADS=`echo $LSB_HOSTS | awk '{print NF}'`
SINGULARITY="singularity run --nv /fs00/software/singularity-images/ngc_gromacs_2021.3.sif"
${SINGULARITY} GMX_COMMAND

软件信息：

GROMACS version:    2021.3-dev-20210818-11266ae-dirty-unknown
Precision:          mixed
Memory model:       64 bit
MPI library:        thread_mpi
OpenMP support:     enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 64)
GPU support:        CUDA
SIMD instructions:  AVX2_256
FFT library:        fftw-3.3.9-sse2-avx-avx2-avx2_128-avx512
CUDA driver:        11.20
CUDA runtime:       11.40

测试算例：

ATOM  102808(464 residues, 9nt DNA, 31709 SOL, 94 NA, 94 CL)
nsteps      = 25000000     ;50 ns

eScience中心GPU测试： 所有GPU节点使用单个GPU进行模拟。 gromacs2021-singularity.png

结论：

  1. Gromacs在a100上表现非凡，在723090ib, 722080tiib, 72rtxib上的表现差不多。
  2. Gromacs2021相对于Gromacs2018在所有的GPU节点上都有明显的提升，特别是723090ib变化最为明显。这种差异可能来自于Gromacs本省或者cuda版本的提升。
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