Gromacs2023与Desmond academic_Academic_2022-4在
拳打Amber脚踢Gromacs最终攀上Desmond高峰
说明：
笔者在长期受到Amber、Gromacs模拟系统构建的折磨后，痛定思痛决定下载带有GUI美观、完全自动化、一键分析的Desmond。
基于命令行操作的Amber代码包非常适合生物分子体系的模拟，包括AmberTools、Amber两部分。前者免费，但提升生产力的多CPU并行和GPU加速功能需要通过Amber实现，但发展中国家（如中国）可以通过学术申请获得。
同样基于命令行操作的的Gromacs代码包由于上手快、中文教程详尽等优点收到初学者的一致好评，教程可以参考李继存老师博客（http://jerkwin.github.io/）、B站和计算化学公社（http://bbs.keinsci.com/forum.php）php）等。 初学者跟着教程做就可以（http://www.mdtutorials.com/），深入学习还是推荐大家去看官方的文档。
初识Desmond是使用世界上最贵的分子模拟软件之一的“学术版”Maestro时，它是由D.E.Shaw Research开发的MD代码，但在Schrödinger公司的帮助下实现了GUI图形界面操作。投资界科学家D.E.Shaw顺手还制造l一台用于分子动力学模拟的专业超级计算机Anton2，当然相对于宇宙最快的Gromacs还是差了点（懂得都懂）。学术和非营利机构用户更是可以在https://www.deshawresearch.com/resources.html注html注册信息，免费获得拥有Maestro界面的Desmond软件。
Desmonds的安装：
在D.E.Shaw Research注册后下载相应软件包，上传到HPC集群后解压安装
tar -xvf Desmond_Maestro_2021.1.Desmond_Maestro_2022.4.tar
cd DESRES_Academic_2022-4_Linux-x86_64
./INSTALL进入安装引导界面并按Enter继续进行安装，
在D.E.Shaw Research注册后下载相应软件包，上传到HPC集群后解压安装
文件位置：
/fs00/software/singularity-images/ngc\_gromacs\_2021.3.sif
提交代码：
能量最小化（em.lsf）
#BSUB -q 72rtxib
#BSUB -gpu "num=1"
module load singularity/latest
export OMP_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC"
SINGULARITY="singularity run --nv /fs00/software/singularity-images/ngc_gromacs_2021.3.sif"
${SINGULARITY} gmx grompp -f minim.mdp -c 1aki_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
${SINGULARITY} gmx mdrun -nb gpu -ntmpi 2 -deffnm em
平衡模拟（nvt）
#BSUB -q 72rtxib
#BSUB -gpu "num=1"
module load singularity/latest
export OMP_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC"
SINGULARITY="singularity run --nv /fs00/software/singularity-images/ngc_gromacs_2021.3.sif"
${SINGULARITY} gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
${SINGULARITY} gmx mdrun -nb gpu -ntmpi 2 -deffnm nvt
平衡模拟（npt）
#BSUB -q 72rtxib
#BSUB -gpu "num=1"
module load singularity/latest
export OMP_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC"
SINGULARITY="singularity run --nv /fs00/software/singularity-images/ngc_gromacs_2021.3.sif"
${SINGULARITY} gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr
${SINGULARITY} gmx mdrun -nb gpu -ntmpi 2 -deffnm npt
成品模拟（md）
#BSUB -q 723090ib
#BSUB -gpu "num=1"
module load singularity/latest
export OMP_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC"
SINGULARITY="singularity run --nv /fs00/software/singularity-images/ngc_gromacs_2021.3.sif"
${SINGULARITY} gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md_0_1.tpr
${SINGULARITY} gmx mdrun -nb gpu -bonded gpu -update gpu -pme gpu -pmefft gpu -deffnm md_0_1
成品模拟（md）
也可以参照以下命令进行修改，以作业脚本形式进行提交：
#BSUB -q 723090ib
#BSUB -gpu "num=1"
module load singularity/latest
export OMP_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC"
SINGULARITY="singularity run --nv /fs00/software/singularity-images/ngc_gromacs_2021.3.sif"
${SINGULARITY} gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p -ignh -merge all <<< 4
${SINGULARITY} gmx editconf -f protein_processed.gro -o pro_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubic
${SINGULARITY} gmx solvate -cp pro_newbox.gro -cs spc216.gro -o pro_solv.gro -p topol.top
${SINGULARITY} gmx grompp -f ../MDP/ions.mdp -c pro_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
${SINGULARITY} gmx genion -s ions.tpr -o pro_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral <<< 13
${SINGULARITY} gmx grompp -f ../MDP/minim.mdp -c pro_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr
${SINGULARITY} gmx mdrun -v -deffnm em
${SINGULARITY} gmx energy -f em.edr -o potential.xvg <<< "10 0"
${SINGULARITY} gmx grompp -f ../MDP/nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr
${SINGULARITY} gmx mdrun -deffnm nvt
${SINGULARITY} gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg <<< "16 0"
${SINGULARITY} gmx grompp -f ../MDP/npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr
${SINGULARITY} gmx mdrun -deffnm npt
${SINGULARITY} gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg <<< "18 0"
${SINGULARITY} gmx grompp -f ../MDP/md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md.tpr
${SINGULARITY} gmx mdrun -v -deffnm md
${SINGULARITY} gmx rms -f md.xtc -s md.tpr -o rmsd.xvg <<< "4 4"
软件信息：
GROMACS version: 2021.3-dev-20210818-11266ae-dirty-unknown
Precision: mixed
Memory model: 64 bit
MPI library: thread_mpi
OpenMP support: enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 64)
GPU support: CUDA
SIMD instructions: AVX2_256
FFT library: fftw-3.3.9-sse2-avx-avx2-avx2_128-avx512
CUDA driver: 11.20
CUDA runtime: 11.40
测试算例：
ATOM 218234 (401 Protein residues, 68414 SOL, 9 Ion residues)
nsteps = 100000000 ; 200 ns
eScience中心GPU测试： 能量最小化（em）、平衡模拟（nvt、npt）使用1个GPU进行模拟，成品模拟（md）使用1个GPU进行模拟。
| 任务1 | em | nvt | npt | md |
|---|---|---|---|---|
| --- | 72rtxib | 722080tiib | 722080tiib | 723090ib |
| CPU time | 1168.45 | 13960.33 | 42378.71 | |
| Run time | 79 | 1648 | 5586 | 117.428 ns/day 0.204 hour/ns |
| Turnaround time | 197 | 1732 | 5661 | |
| 任务2 | em | nvt | npt | md |
| --- | 72rtxib | 722080tiib | 72rtxib | 722080tiib |
| CPU time | 1399.30 | 15732.66 | 40568.04 | |
| Run time | 93 | 1905 | 5236 | 106.862 ns/day 0.225 hour/ns |
| Turnaround time | 181 | 1991 | 5479 | |
| 任务3 | em | nvt | npt | md |
| --- | 72rtxib | 72rtxib | 72rtxib | 72rtxib |
| CPU time | 1368.11 | 5422.49 | 5613.74 | |
| Run time | 92 | 355 | 366 | 103.213 ns/day 0.233 hour/ns |
| Turnaround time | 180 | 451 | 451 | |
| 任务4 | em | nvt | npt | md |
| --- | 72rtxib | 72rtxib | 72rtxib | 722080tiib |
| CPU time | 1321.15 | 5441.60 | 5618.87 | |
| Run time | 89 | 356 | 369 | 111.807 ns/day 0.215 hour/ns |
| Turnaround time | 266 | 440 | 435 | |
| 任务5 | em | nvt | npt | md |
| --- | 72rtxib | 72rtxib | 72rtxib | 72rtxib |
| CPU time | 1044.17 | 5422.94 | 5768.44 | |
| Run time | 72 | 354 | 380 | 110.534 ns/day 0.217 hour/ns |
| Turnaround time | 162 | 440 | 431 | |
| 任务6 | em | nvt | npt | md |
| --- | 723090ib | 723090ib | 723090ib | 723090ib |
| CPU time | 1569.17 | 7133.74 | 6677.25 | |
| Run time | 81 | 326 | 325 | 114.362 ns/day 0.210 hour/ns |
| Turnaround time | 75 | 320 | 300 | |
| 任务7 | em | nvt | npt | md |
| --- | 723090ib | 723090ib | 723090ib | 722080tiib |
| CPU time | 1970.56 | 5665.71 | 6841.73 | |
| Run time | 91 | 253 | 327 | 111.409 ns/day 0.215 hour/ns |
| Turnaround time | 123 | 251 | 328 | |
| 任务8 | em | nvt | npt | md |
| --- | 72rtxib | 72rtxib | 72rtxib | 72rtxib |
| CPU time | 1234.24 | 5540.59 | 5528.91 | |
| Run time | 108 | 363 | 370 | 114.570 ns/day 0.209 hour/ns |
| Turnaround time | 85 | 364 | 363 | |
| 任务9 | em | nvt | npt | md |
| --- | 723090ib | 723090ib | 723090ib | 723090ib |
| CPU time | 2016.10 | 7633.83 | 7983.58 | |
| Run time | 93 | 342 | 361 | 115.695 ns/day 0.207 hour/ns |
| Turnaround time | 130 | 377 | 356 | |
| 任务10 | em | nvt | npt | md |
| --- | 723090ib | 723090ib | 723090ib | 72rtxib |
| CPU time | 1483.84 | 7025.65 | 7034.90 | |
| Run time | 68 | 317 | 333 | 102.324 ns/day 0.235 hour/ns |
| Turnaround time | 70 | 319 | 316 |
结论：
-
能量最小化（em）在任务较少的722080tiib和72rtxib队列中，Run time分别为88.83 ± 12.45和83.25 ± 11.44s;
-
平衡模拟（nvt）任务在722080tiib、72rtxib和723090ib队列中，Run time分别为1776.50 ± 181.73、357.00 ± 4.08和309.50 ± 39.06 s；
-
平衡模拟（npt）任务在722080tiib、72rtxib和723090ib队列中，Run time分别为5411.00 ± 247.49、371.25 ± 6.08和336.50 ± 16.68 s；
-
原子数218234的 200 ns成品模拟（md）任务在722080tiib、72rtxib、和723090ib队列中，性能表现差别不大，分别为110.03 ± 2.75、115.83 ± 1.54和107.66 ± 5.90 ns/day。
-
综上，建议在能量最小化（em）、平衡模拟（nvt、npt）等阶段使用排队任务较少的72rtxib队列 ，建议在成品模拟（md）阶段按照任务数量（从笔者使用情况来看，排队任务数量72rtxib＜722080tiib＜723090ib＜83a100ib）、GPU收费情况（校内及协同创新中心用户：72rtxib队列1.8 元/卡/小时=0.45元/核/小时、722080tiib队列1.2 元/卡/小时=0.3元/核/小时、723090ib队列1.8 元/卡/小时=0.3元/核/小时、83a100ib队列4.8 元/卡/小时=0.3元/核/小时）适当考虑队列。
-
在以上提交代码中，未涉及到Gromacs的并行效率问题（直接“num=4”并不能在集群同时使用4块GPU），感兴趣的同学可以查看http://bbs.keinsci.com/thread-13861-1-1.html以及https://developer.nvidia.com/blog/creating-faster-molecular-dynamics-simulations-with-gromacs-2020/的相关解释。但根据前辈的经验，ATOM 500000以上才值得使用两张GPU加速卡，原因在于Gromacs的并行效率不明显。感兴趣的同学也可以使用Amber的GPU并行加速，但对显卡的要求为3090或者tesla A100。这里提供了GPU=4的gromacs命令：
gmx mdrun -deffnm $file.pdb.md -ntmpi 4 -ntomp 7 -npme 1 -nb gpu -pme gpu -bonded gpu -pmefft gpu -v