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远程登录

登录方式

首次登录

  1. 因为需要进行两步认证绑定，故首次登录必须使用Web浏览器
  2. 在计算机上使用Web浏览器访问 https://access.nju.edu.cn
  3. 输入用户名、密码登录
  4. 手机安装 Google Authenticator、Microsoft Authenticator、Red Hat FreeOTP、LastPass Authenticator 等兼容APP，扫描二维码（也可手动输入），然后点击“完成绑定”
  5. 输入手机APP中的动态口令登录
  6. 下载安装或升级客户端插件

Web登录（图形和命令行界面）

  1. 使用Web浏览器访问 https://access.nju.edu.cn
  2. 输入用户名、密码登录
  3. 输入手机APP中的动态口令登录
  4. 下载安装或升级客户端插件，需要Java运行环境
  5. Web支持图形界面xfce4/vnc、命令行界面ssh，Web不支持sftp！
  6. 图形界面修改分辨率：Applications - Settings - Display - Resolution

SSH登录（命令行界面）

  1. 地址：access.nju.edu.cn，端口：22（默认）
  2. 输入用户名
  3. 输入密码+空格+动态口令（如密码是YaoGe123，手机APP动态口令是123456，则输入YaoGe123 123456）
  4. SSH不支持图形（X11-Forwarding）
  5. SSH客户端：Putty、Xshell、Bitvise SSH Client、iTerm2、Termius……

SFTP登录（文件传输）

  1. 地址：access.nju.edu.cn，端口：22（默认）
  2. 输入用户名
  3. 输入密码+空格+动态口令（如密码是YaoGe123，手机APP动态口令是123456，则输入YaoGe123 123456）
  4. SFTP路径有特殊前缀（/hpc_login1 sftp (10.1.0.101)/self）
  5. SFTP客户端：FileZilla、Xftp、WinSCP、Bitvise SSH Client、Cyberduck、SFTP Drive、SSHFS、LFTP
  6. FileZilla 须在站点(Site)的“传输设置(Transfer Settings)”中勾选“限制并发连接数(Limit number of simultaneous connections)”并设置“最大连接数(Maximum number of connections)”为 1
  7. WinSCP 不可使用 “后台传输(Background Transfers)”
  8. Cyberduck 须在“新建书签(New Bookmark)”中设置“传输文件(Transfer Files)”为“使用浏览器连接(Use browser connection)”
  9. SFTP Drive 须设置“Authentication Type”为“Keyboard Interactive”

登录注意事项

  1. SSH登录后用 passwd 更改密码，密码至少8个字符，包含小写字母、大写字母、数字和特殊字符中的至少三种，不能是常见密码
  2. 连续输错5次密码（含动态口令），账号锁定5分钟
  3. 只有最新绑定的动态口令有效，为避免混淆建议在绑定前先删除老的条目，动态口令仅用于登录 access.nju.edu.cn
  4. 必须通过作业调度系统进行计算，不得在登录节点或计算节点直接运行计算程序，否则会被杀掉进程
  5. 小心更改PS1环境变量，最后必须以$ 结尾（$+空格）

数据传输

  1. SFTP：使用SFTP客户端浏览并传输文件，适合大文件和整个目录的上下传。
  2. ZMODEM：在登录节点上可用rz上传文件、sz下载文件，适合单个小文件的上下传。
  3. 云盘：通过云盘自动同步和备份文件。
  4. 数据拷贝：直接使用移动硬盘拷贝大量数据文件。

数据拷贝

为方便大数据传输，中心提供数据拷贝服务，用户需提供支持USB 3.0接口的大容量移动硬盘存储设备，文件系统格式化为exFAT/ext4/XFS，并告知需要拷贝数据的目录（绝对路径），保证目录的容量小于移动存储的空余空间。

  • 使用Windows的用户，建议将存储设备格式化为exFAT，exFAT可以方便的同时被Windows和Linux读写，但是对于机械硬盘不适于长期使用。
  • 使用Linux的用户，建议将存储设备格式化为ext4或XFS。

　　高性能计算集群和云盘已紧密集成，云盘详细功能详见云盘网站。

集成云盘

独立账号

高性能计算集群用户可以使用集群账号直接登录云盘，用户名为集群账号@hpc.nju.edu.cn，密码即集群账号密码；如集群账号为yaoge，用户名填写yaoge@hpc.nju.edu.cn。首次使用需要登录网页端激活账号，但集群账号不能使用云盘的上下传外链功能。

云盘上的集群账号与南京大学统一身份认证账号相互独立，如集群账号yaoge@hpc.nju.edu.cn和南京大学统一身份认证账号0102003是两个完全独立的账号，需要分别激活才能使用。

文件同步

通过云盘的多平台多终端同步功能，可将集群中的目录和本地计算机的目录同步，对本地目录的操作几乎立刻反应在集群的目录中，不再需要通过SFTP上下传文件。

  • 计算结果输出到集群同步目录中，本地计算机会自动下载，可在本地直接查看和编辑输出文件；
  • 计算输入文件放到本地同步目录中，集群会自动下载，直接引用输入文件即可提交作业。

客户端

登录节点已安装云盘同步客户端和挂载盘客户端

挂载盘命令行客户端使用简介

  1. 获取Token（<username>替换为集群账号，<password>替换为密码）
curl -d "username=<username>@hpc.nju.edu.cn" -d "password=<password>" https://box.nju.edu.cn/api2/auth-token/
  1. 创建配置文件~/seadrive.conf，<username>替换为集群账号，<token>替换为上一步的返回值 
    [account]
server = https://box.nju.edu.cn
username = <username>@hpc.nju.edu.cn
token = <token>
is_pro = true
[general]
client_name = hpc-login
[cache]
size_limit = 10GB
clean_cache_interval = 10
  2. 启动挂载盘，命令在前台运行，新开一个窗口进行其它操作：seadrive -c ~/seadrive.conf -f -d ~/.seadrive/data -l ~/.seadrive/data/logs/seadrive.log ~/SeaDrive
  3. 如果报错Transport endpoint is not connected，执行：fusermount -u ~/SeaDrive
  4. ~/SeaDrive 目录就是云盘挂载在本地的目录，可以直接读写访问

同步命令行客户端使用简介

  1. 创建客户端本地数据目录（目录名可更改）：mkdir ~/Seafile
  2. 初始化客户端并指定本地数据目录（上一步创建的目录）：seaf-cli init -d ~/Seafile
  3. 启动客户端：seaf-cli start
  4. 列出云盘资料库ID（<username>替换为集群账号）：seaf-cli list-remote -s https://box.nju.edu.cn -u <username>@hpc.nju.edu.cn
  5. 将本地目录与云盘资料库同步（<library-id>替换为上一步列出的某个资料库ID，<folder>替换为本地目录）：seaf-cli sync -s https://box.nju.edu.cn -u <username>@hpc.nju.edu.cn -l <library-id> -d <folder>
  6. 将云盘资料库下载到本地目录：seaf-cli download -s https://box.nju.edu.cn -u <username>@hpc.nju.edu.cn -l <library-id> -d <folder>
  7. 将本地目录解除同步：seaf-cli desync -d <folder>
  8. 查看当前同步状态：seaf-cli status
  9. 停止客户端：seaf-cli stop

存储配额

并行文件系统fsa等有存储空间配额，存储空间收费按照配额收费。

查看配额方法如下，用户和组配额同时生效

[yaoge ~]$ myquota

用户或组占用存储空间超过配额但是<10%的，可以在7天宽限期内降低至配额以内，超期将无法写入任何数据；超过配额>10%，立刻无法写入任何数据，需要降低至配额以内才能写入数据。

环境变量

集群使用Environment Modules以模块的形式对环境变量进行管理。在高性能计算集群系统中，安装有多种软件及其不同版本，它们需要设置不同的环境变量，Environment Module可以将这些环境变量做成模块文件（modulefile）。模块可以被加载(load)、卸载(unload)、切换(switch)等，这些操作会改变相应的环境变量设置，让用户方便的在不同环境之间切换。相比将环境变量设置写入/etc/profile、~/.bashrc或~/.bash_profile，Environment Module操作只影响当前用户的当前登录环境；相比直接source文件，Environment Module的操作可以撤销（卸载）。普通用户还可以自己编写module，具有很好的定制性。用户不仅可以在命令行中Environment Modules，也能在作业提交脚本中使用，对编译和计算环境都能够很好的控制。

常用命令

  • 显示module帮助：module help
  • 显示所有可用模块：module avail
  • 显示已加载模块：module list
  • 加载模块：module load MODULEFILE
  • 卸载模块：module unload MODULEFILE
  • 切换模块：module switch OLD_MODULEFILE NEW_MODULEFILE（等价于：module unload OLD_MODULEFILE; module load NEW_MODULEFILE）
  • 卸载所有已加载模块：module purge
  • 显示模块说明：module whatis MODULEFILE
  • 显示模块内容：module display MODULEFILE

模块命名规则

软件名/版本-编译器-版本-库-版本

非 Bash

使用非Bash作为Login Shell的用户，请在作业提交脚本的首行指明Shell或使用bsub参数-L指定作业运行时Login Shell为Bash

如Login Shell为tcsh，使用下面两种方法中的一种

#!/bin/tcsh #首行指明Shell
#BSUB ...
...

...
#BSUB -L /bin/bash #指定运行时Login Shell为Bash
...

例

$ module avail #查看所有可用模块

------------------------------ /fs00/software/modulefiles ------------------------------
gcc/5.2.0                          impi/5.0.3.048
iccifort/15.0.3                   ips/2011sp1u3
ics/2013                           ips/2015u3
ics/2013sp1u1                  openmpi/1.10.0-gcc-5.2.0
imkl/11.2.3                      openmpi/1.10.0-iccifort-15.0.3

$ module list #显示已加载模块
No Modulefiles Currently Loaded. #没有模块被加载

$ icc --version #故icc找不到
-bash: icc: command not found

$ module whatis ips/2015u3 #查看模块说明
ips/2015u3           : Intel Parallel Studio XE 2015 Update 3 Cluster Edition

$ module load ips/2015u3 #加载模块
$ icc --version
icc (ICC) 15.0.3 20150407
Copyright (C) 1985-2015 Intel Corporation.  All rights reserved.

$ module list #显示已加载模块
Currently Loaded Modulefiles:
  1) ips/2015u3

$ module unload ips/2015u3 #卸载模块

登录方式entry

仅限受邀用户内部测试

首次登录

  1. 因为需要进行两步认证绑定，故首次登录必须使用Web浏览器
  2. 在计算机上使用Web浏览器访问 https://entry.nju.edu.cn
  3. 输入用户名、密码登录
  4. 手机安装 Google Authenticator、Microsoft Authenticator、Red Hat FreeOTP、LastPass Authenticator 等兼容APP，扫描二维码（也可手动输入），然后点击“完成绑定”
  5. 输入手机APP中的动态口令提交
  6. 下载安装或升级客户端插件

Web登录

  1. 使用Web浏览器访问 https://entry.nju.edu.cn
  2. 输入用户名、密码登录
  3. 输入手机APP中的动态口令提交
  4. 下载安装或升级客户端插件，需要Java运行环境
  5. Web支持图形界面xfwd/vnc、命令行界面ssh，文件传输sftp
  6. 图形界面修改分辨率：Applications - Settings - Display - Resolution

SSH登录（命令行界面）

  1. 地址：entry.nju.edu.cn，端口：22（默认）
  2. 输入用户名
  3. 输入密码
  4. 输入手机APP中的动态口令
  5. SSH不支持图形（X11-Forwarding）
  6. SSH客户端：Putty、Xshell、Bitvise SSH Client、iTerm2、Termius……

SFTP登录（文件传输）

  1. 地址：entry.nju.edu.cn，端口：22（默认）
  2. 输入用户名/10.1.0.101/self（如用户名是yaoge，则输入yaoge/10.1.0.101/self）
  3. 输入密码+空格+动态口令（如密码是YaoGe123，手机APP动态口令是123456，则输入YaoGe123 123456）
  4. SFTP客户端：FileZilla、Xftp、WinSCP、Bitvise SSH Client、Cyberduck、SFTP Drive、SSHFS、LFTP
  5. FileZilla 须在站点(Site)的“传输设置(Transfer Settings)”中勾选“限制并发连接数(Limit number of simultaneous connections)”并设置“最大连接数(Maximum number of connections)”为 1
  6. WinSCP 不可使用 “后台传输(Background Transfers)”
  7. Cyberduck 须在“新建书签(New Bookmark)”中设置“传输文件(Transfer Files)”为“使用浏览器连接(Use browser connection)”
  8. SFTP Drive 须设置“Authentication Type”为“Keyboard Interactive”

登录注意事项

  1. SSH登录后用passwd更改密码，密码至少8个字符，包含小写字母、大写字母、数字和特殊字符中的至少三种，不能是常见密码
  2. 连续输错5次密码（含动态口令），账号锁定5分钟
  3. 只有最新绑定的动态口令有效，为避免混淆建议在绑定前先删除老的条目，动态口令仅用于登录entry.nju.edu.cn
  4. 必须通过作业调度系统进行计算，不得在登录节点或计算节点直接运行计算程序，否则会被杀掉进程
  5. 小心更改PS1环境变量，最后必须以“$ ”结尾（$+空格）
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