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容器化

容器技术

容器技术能够对应用及其整个运行时环境(包括全部所需文件)一起进行打包或隔离。从而可以在不同环境(如开发、测试和生产等环境)之间轻松迁移应用,同时还可保留应用的全部功能。有了容器不再需要管理员为你安装任何东西。容器是一个独立的系统,你可以在里面做任何想做的事情。

Singularity

Singularity 是一套类似于 Docker 的容器解决方案,是用于HPC容器系统。

加载环境

module load singularity/latest
source /fs00/software/singularity/latest/etc/bash_completion.d/singularity

制作镜像

镜像可以从 Docker Hub 直接导入,或自己做好镜像打包上传后导入

singularity build ubuntu.sif docker://docker.nju.edu.cn/ubuntu	#从 Docker Hub 导入镜像
singularity build ngc_tensorrt_23.01-py3.sif docker://ngc.nju.edu.cn/nvidia/tensorrt:23.01-py3	#从
singularity build abc.sif docker-archive://abc.tar	#导入 docker save 保存的镜像

git.nju.edu.cn 上的 CI/CD 自动调用 kaniko 构建 Docker 镜像,详见官方文档

/fs00/software/singularity-images/ 已经存放了很多镜像,可直接使用

提交作业

提交容器作业的示例脚本

#BSUB -q 62v100ib
#BSUB -gpu num=4

/fs00/software/singularity/latest/bin/singularity exec --nv cuda.sif app

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