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提交作业

集群使用作业调度系统管理所有计算作业，该系统接受用户的作业请求，并将作业合理的分配到合适的节点上运行，因此所有用户均应通过作业调度系统提交计算作业，不可直接在任何节点上直接运行。用户使用bsub命令向作业调度系统提交作业，bsub选项非常繁多，可对作业进行非常细致的控制，这里简要介绍常用选项和方法。

bsub 使用方式

命令行方式

bsub [options] command [arguments]

  • [options] 为 bsub 的选项，可以设定队列、CPU核数等
  • command 为计算程序，如果是 MPI 并行程序需要使用 mpirun 启动
  • [arguments] 为计算程序的参数

例：提交一个作业到 e5v3ib 队列，需要24核的 MPI 并行程序

$ bsub -q e5v3ib -n 24 mpirun ./app
Job <3206000> is submitted to queue <e5v3ib>

脚本方式

bsub < jobfile

jobfile 为作业的 shell 脚本文件，文件名任意且不需要运行权限，脚本内容如下：

#BSUB [options]
command [arguments]

脚本中以#BSUB开头的行后跟bsub的选项，其它行为作业运行脚本

例：提交一个作业到 e5v3ib 队列，需要48核，需要大内存节点，作业名为 MgSiO3，标准输出文件为out，标准错误输出文件为err，Intel MPI 的并行作业0

$ cat job.lsf 
#BSUB -q e5v3ib
#BSUB -n 48
#BSUB -J MgSiO3
#BSUB -o out
#BSUB -e err
module load ips/2018u4
mpirun ./app

$ bsub < job.lsf 
Job <3207099> is submitted to queue <e5v3ib>.

等价如下命令行方式

$ bsub -q e5v3ib -n 48 -J MgSiO3 -o out -e err "module load ips/2018u4;mpirun ./app"
Job <3207099> is submitted to queue <e5v3ib>.

bsub 常用选项

  • -J job_name：作业名称
资源请求
  • -n min_tasks[,max_tasks]：作业需要CPU核数；例：需要四核 -n 4；需要4~8核均可 -n 4,8
  • -m：作业运行的节点或节点组，多个节点写在双引号内并用空格分隔，节点组对应的具体节点可用 bmgroup 命令查看，此选项很复杂。在 hostname/hostgroup 前后可用这些符号：后加!指定头结点、后加+[num]指定节点使用顺序、前加~指定不使用这个节点。例：指定在 c04n01 和 c04n02 运行-m "c04n01 c04n02"；指定可在 f01n01~n03，但是最希望在 f01n01、次希望在 f01n02-m "f01n01+2 f01n02+1 f01n03"；
  • -R "res_req"：资源请求串，此选项非常复杂；例：有的队列某些节点内存较大，需要大内存节点可以指定 -R largemem
  • -x：作业需要独占节点，无论申请多少核，作业均独占所运行的节点，只有!队列支持此选项
  • -W [hour:]minute：作业运行最长时间，超过这个时间则被 kill
CPU绑定
  • -R affinity[core:cpubind=core:membind=localprefer:distribute=pack]：作业调度系统将进行CPU亲和性绑定，注意可能会和程序本身（如MPI）的绑定冲突，使用前请测试！
自动重跑
  • -r：如果计算节点或系统故障则自动重新运行作业
  • -Q "exit_code [exit_code ...]"：根据作业退出码自动重新提交作业。使用空格分隔多个退出码，all指所有退出码，加~排除一个或多个退出码。
输入输出
  • -I：交互式作业，可在作业运行期间和程序进行交互（如输入参数等），可在调试期间使用，正常计算请勿使用
  • -K：等待作业执行完才返回
  • -i input_file：标准输入文件
  • -o output_file：标准输出文件
  • -e error_file：标准错误输出文件
  • 以上三个选项的文件名中可以包含%J用于表示 JOBID。如果没有用-o或-oo指定标准输出文件，那么系统会自动设定为output_%J；如不想要输出文件请设置-o /dev/null

更多选项见官方文档

GPU 作业

提交作业时使用 -gpu 选项申请所需的 GPU 资源，计算进程只可见作业调度系统分配的 GPU。CPU 核自动按照申请节点 GPU 的比例分配，如一节点8个 GPU 和40个 CPU 核，申请2个 GPU 则分配10个 CPU 核。

-gpu 的各个选项用:分隔，默认值为num=1:mode=shared:mps=no:j_exclusive=yes，常用选项如下

  • num=number：每台主机需要GPU的数量
  • mode=shared | exclusive_process：GPU运行模式，shared对应 Nvidia/AMD DEFAULT compute mode、exclusive_process对应 Nvidia EXCLUSIVE_PROCESS
  • mps=yes | no：开启或关闭Nvidia Multi-Process Service (MPS)。关闭MPS，多进程通过时间分片的方式共享GPU；开启MPS，多进程共享一个CUDA Context并发执行，增加了GPU利用率
  • aff=yes | no：是否强制进行严格的 GPU-CPU 亲和性绑定，还需要配合-R affinity[core:cpubind=core:membind=localprefer:distribute=pack]才能一同完成GPU-CPU亲和性绑定

MPI/OpenMP 混合作业

OpenMP (Open Multi-Processing) 是一种共享内存方式的单进程多线程并行编程技术；MPI (Message Passing Interface) 是一种多进程基于信息传递的并行编程技术。OpenMP 的特点是单节点、进程内、多线程、基于共享内存的并行运算；MPI 的特点是单或多节点、进程间、非共享内存、基于消息传递的并行运算。

混合并行编程模型构建的应用程序可以同时使用 OpenMP 和 MPI ，节点内NUMA内进程内使用 OpenMP 共享内存并行可降低内存需求，跨节点跨NUMA跨进程使用 MPI 消息传递可大规模并行。需要注意的是，并不是一个节点一个MPI进程是最优的，这往往会导致跨NUMA的内存访问，因此需要通过测试确定最佳配比。

mpirun一般会根据环境变量LSB_MCPU_HOSTS启动相应的MPI进程，因此可以通过下列方法改变此环境变量中每个节点的CPU核数，以匹配MPI/OpenMP混合作业的MPI进程分布：

  1. #BSUB -n 指定的仍然是总CPU核数
  2. 提交作业脚本中需要在计算命令前首先运行 
    source /fs00/software/lsf/misc/ompthreads.sh [N]
  3. 每个 MPI 进程的 OpenMP 线程数量可以用环境变量OMP_NUM_THREADS指定或上述命令行参数指定，同时指定时命令行参数优先，需要保证每个节点的 CPU核数可以被线程数整除！

常用环境变量

作业运行时

  • LSB_JOBID：作业ID
  • LSB_QUEUE：队列名称
  • LSB_JOBNAME：作业名称
  • LSB_DJOB_NUMPROC：分配的CPU总核数
  • LSB_DJOB_HOSTFILE：分配的节点列表文件，每行一个
  • LSB_HOSTS：分配的节点列表，每个CPU核一个节点名的纯节点列表
  • LSB_MCPU_HOSTS：分配的节点和核数列表，每个节点名和CPU核数的列表
LSB_DJOB_NUMPROC=6
LSB_HOSTS="node1 node1 node1 node2 node2 node2"
LSB_MCPU_HOSTS="node1 3 node2 3"

$ cat $LSB_DJOB_HOSTFILE
node1
node1
node1
node2
node2
node2

LSB_HOSTS 和 LSB_MCPU_HOSTS 以不同的格式包含相同的信息，LSB_MCPU_HOSTS 比 LSB_HOSTS 更短更精简，如果 LSB_HOSTS 超过 4096 字节，则仅有 LSB_MCPU_HOSTS。

作业脚本示例

串行作业

　　提交一个串行作业到 e52660 队列，命令行方式和脚本方式分别为：

$ bsub -q e52660 ./app
Job <3279929> is submitted to queue <e52660>.
$ cat job.lsf 
#BSUB -q e52660
./app

$ bsub < job.lsf 
Job <3279930> is submitted to queue <e52660>.

MPI 并行作业

　　MPI程序需要使用mpirun启动

　　提交一个需要48核的 Intel MPI 并行作业到 e5v3ib，命令行方式为：

$ bsub -q e5v3ib -n 48 "module load ips/2018u4;mpirun ./app"
Job <3280120> is submitted to queue <e5v3ib>.

　　提交一个需要48核的 Open MPI 并行作业到 e5v3ib，脚本方式为：

$ cat job.lsf 
#BSUB -q e5v3ib
#BSUB -n 48
module load iccifort/15.0.3 imkl/11.2.3 openmpi/1.10.0-iccifort-15.0.3
mpirun ./app

$ bsub < job.lsf 
Job <3280122> is submitted to queue <e5v3ib>.

OpenMP 并行作业

　　OpenMP 不能跨节点，因此-n不能指定超过一个节点的CPU核数

　　提交一个需要64核的 OpenMP 并行作业到 e7v4ib，使用程序参数 -nt 指定线程数量，命令行方式为：

$ bsub -q e7v4ib -n 64 "./app-nt \$LSB_DJOB_NUMPROC"
Job <3348175> is submitted to queue <e7v4ib>.

　　提交一个需要64核的 OpenMP 并行作业到 e7v4ib，使用环境变量OMP_NUM_THREADS指定线程数量，脚本方式为：

$ cat job.lsf 
#BSUB -q e7v4ib
#BSUB -n 64
OMP_NUM_THREADS="$LSB_DJOB_NUMPROC"
./app

$ bsub < job.lsf 
Job <3348182> is submitted to queue <e7v4ib>.

MPI/OpenMP 混合作业

每个MPI进程跑6个OpenMP线程

通过环境变量OMP_NUM_THREADS指定

#BSUB -q 6140ib
#BSUB -n 72
export OMP_NUM_THREADS=6
source /fs00/software/lsf/misc/ompthreads.sh
module load ips/2018u4
mpirun ./run

通过命令行参数指定（有些计算程序需要通过命令行参数指定线程数量）

#BSUB -q 6140ib
#BSUB -n 72
source /fs00/software/lsf/misc/ompthreads.sh 6
module load ips/2018u4
mpirun ./openmx -nt 6

GPU 作业

提交一个需要1个 GPU 的作业到 e5v4p100ib 队列

bsub -q e5v4p100ib -gpu num=1 ./gpu_app

提交一个需要4个 GPU 的作业到 62v100ib 队列，进行 GPU-CPU 绑定

bsub -q 62v100ib -gpu "num=4:aff=yes" ./gpu_app
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