AlphaFold 3
/fs00/software/alphafold/3.0.0/AlphaFold-v3.0.0.sif
0. 基本信息
alphafold3是Google DeepMind开发的、用于生物分子复合体结构预测的人工智能模型，该模型接受一个json形式的、用于描述生物分子体系的文件，运行主要分为两步：
- data pipeline: 在一定参数控制下，基于输入的序列信息进行生物信息学搜索，得到结构预测所需的共进化信息 (multi-sequence alginment, msa) 与结构模板 (templates)，并将这些信息与输入信息整合，将整合信息作为json文件输出
- inference: 读取整合入msa和templates的json文件，转化为模型输入特征进行推理，输出mmcif格式的预测结构与confidence score
此处部署的是基于官方github库打包的apptainer容器。容器内包含alphafold3程序本体和依赖，不包含程序运行所需的数据库与预训练权重——这些需要在运行时以命令行参数传入。集群上部署有生信搜索所需数据库，模型权重的使用受term of use控制，请自行向Google DeepMind申请。