校内用户超算集群申请与基本使用简明指南（2024年后新版）
本文将简述集群使用的基本过程，但是详细的操作和使用仍然需要仔细阅读超级计算使用说明。
关于scc.nju.edu.cn和access.nju.edu.cn的信息已经过时，等待更（新
一、账号获取
新用户版文档正在scc.nju.edu.cn首页点击注册账户。
校内用户绑定统一身份认证：①“统一认证平台用户”选择“是”；②点击验证信息；③获取验证码，验证码通过邮箱发送。
填写表单，用户组输入导师账号名（不知道就去问课题组里），提交申请；组长（即课题组里负责审批的人，如果不清楚也问组里）登录scc.nju.edu.cn自助审批新用户，通过后账号立刻生效，即可使用。新用户再次登入scc.nju.edu.cn，即可进行一些账号信息的维护，包括重置密码、动态口令等。
如果组里之前没注册过相关账号，请联系姚老师：
二、登入资产
注册成功后，用注册成功的账号（不是统一身份认证）访问access.nju.edu.cn：
2.1、首次登入
首次登入会要求设置两步认证：
两步认证请另行参阅：eScience服务双重认证简明指南
按照需求使用一个验证器即可。但注意，如果没有备份和导出功能，手机一旦更换，这个设置也会失效（当然，你可以直接去scc.nju.edu.cn重置，如上文所说）。
下面以Microsoft Authenticator（绑定微软账号云端备份，推荐，但可能安卓/鸿蒙手机需要谷歌框架，不同机型如何打开或安装谷歌框架请直接百度）为例：
扫描二维码即可添加成功。
2.2、绑定成功后登入
打开前面的两步认证软件，点开对应access.nju.edu.cn的账号：
获取其中的一次性密码代码，登入
进入后，可以看见你的账户下分配的资产：
按照本页顶端的提示，安装ShtermClient之后，点击资产，会显示四个按钮：
ssh：命令行登入，这个一般就足够了sftp：大量（数量多、体积大）文件传输Xfce4：远程图形界面，可以简单进行一些文件操作VNC：远程图形界面
三、登录资产
3.1、SSH客户端登入：以Xshell为例
由于命令行一定是需要跨过去的坎，所以后面默认会主要使用ssh方式。
Windows下推荐使用Xshell（当然你有其他的客户端甚至是原生的Linux都可以）：
家庭/学校免费 - NetSarang Website
安装完打开Xshell，点击左上角的新建来新建会话
设置自定义的名称之后，将主机设置为access.nju.edu.cn（这是教育网/校园网入口）：
确定后保存。
双击刚刚新建的会话，然后第一次连接可能会出现“SSH安全警告”，询问是否“接受此主机密码？”，接受并保存即可。
下一个可能弹出的页面中，会询问你的用户名（注意！不是统一身份认证，是你的集群上的用户名！），为了方便可以勾选记住用户名：
下一步中，需要输入密码。密码请遵循账户密码+两步认证的格式，但是中间用空格空开。例如，账户密码为：qwerty，此时两步认证软件软件内的代码为123456，那么你这里需要填写qwerty 123456。千万不要勾选记住密码，因为这个格式显然后半部分每次会变。
登入成功后，是登录节点。应当会这么显示：
友情提示——在这里改字体和大小：
在这里改配色方案：
对自己的眼睛好一点……
扩展阅读：
什么是SSH？SSH是如何工作的？ - 华为
3.2、更易用的文件传输：Xftp
集群支持sftp方式的文件传输。比起使用rz、sz等命令的方式，sftp客户端具有易用、直观的特点，适合传输多个、大批量的文件。Windows下，这里和Xshell配套的软件便是Xftp。
Xftp使用参数：
主机：access.nju.edu.cn，默认端口22协议：sftp用户名：集群用户名密码：和上面登入Xshell的密码一致用户目录：如果你在上面ssh登入后，输入echo ~返回的是/fsa/home/集群用户名，那么sftp下用户目录就是/hpc_login1 sftp (10.1.0.101)/self/fsa/home/集群用户名
非Windows用户的SFTP方案见：SFTP登录（文件传输）
其他情况可以去远程登录文档内寻找答案。
四、Linux命令行使用
命令行五花八门，说到底，都是命令 参数（注意中间的空格）这种格式。
基本命令行参考：
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上表只是告诉了你一个目录，具体各个命令如何使用你可以根据上述表来搜索学习。
在集群上为了提交作业，还需要知道bsub、bjobs等集群使用的lsf作业系统命令。这部分需要仔细阅读：https://doc.nju.edu.cn/books/efe93/page/4f4ad
尽管有SFTP软件可以免去大量Linux命令文件操作，但是还是建议稍微了解一些Linux的基础命令。
五、一个提交作业的演示
基本的脚本提交
以提交一个DMI_pbc.mix的mumax计算脚本为例：
ssh登入后，在登录节点上输入：
ls
查看当前目录（登录节点的用户主目录）有些什么。
mkdir mumax_20221014
cd mumax_20221014
第一行：创建一个mumax_20221014的文件夹（make directory）管理这一次的计算任务
第二行：切换进刚刚创建的那个目录（change directory）
rz
唤起传输界面：
选择要上传的mumax计算脚本DMI_pbc.mix文件。
vim job.lsf
创建一个job.lsf的作业提交脚本，并且参照https://doc.nju.edu.cn/books/efe93/page/mumax 的示例写入：
#BSUB -q 723090ib
#BSUB -gpu num=1
mx3in=DMI_pbc.mix
module load cuda/11.2.0
/fs00/software/mumax/3.10-cuda11.0/mumax3 $mx3in
第1行：作业参数，指定使用的计算队列
第2行：作业参数，指定使用的GPU数目
第4行：mx3in变量设定为DMI_pbc.mix，当然你可以不叫这个变量名
第6行：载入cuda-11.2.0的依赖（见：https://doc.nju.edu.cn/books/efe93/page/nvidia）
第7行：使用mumax3软件输入mx3in变量的值所表示的计算脚本
当然，如果上述流程实在用不习惯，也可以：
直接用Xfce4从图形界面登入，用文本编辑器修改
使用SFTP方案直接在本地修改，然后上传回去
无论是如何上传脚本，从Windows上传回集群最好用dos2unix命令来转换换行符，或者干脆在Windows下通过编辑器如VS Code自己的换行符切换来处理这个问题。
作业提交脚本本质上其实是shell脚本，因此Shell 教程 | 菜鸟教程也通用。
bsub < job.lsf
将job.lsf通过bsub命令按照作业提交脚本的设定提交至计算队列。提交完成后会显示：
[hfd_jitz@login1 mumax_test_2]$ bsub < mumax_job.lsf
Job <40999791> is submitted to queue <723090ib>.
查看作业情况
bjobs
可以查看你当前在跑的任务情况：
[hfd_jitz@login1 mumax_test_2]$ bjobs
JOBID USER STAT QUEUE JOB_NAME SUBMIT_TIME EXEC_HOST
40999791 hfd_jitz RUN 723090ib *x3 $mx3in Oct 14 22:08 6*m002
任务ID：40999791
计算队列：723090ib
GPU编号：6
主机：m002
特别地，本例子是一个GPU任务，因此还可以这样查看GPU任务的运行情况：
ssh m002
登入到计算节点（注意看@前后的“host”已经从login1变为m002）：
[hfd_jitz@login1 mumax_test_2]$ ssh m002
Last login: Fri Oct 14 11:37:26 2022 from m002
[hfd_jitz@m002 ~]$
在计算节点执行
nvidia-smi
可以查看GPU上的资源使用情况，对应的GPU编号即是你在使用的部分。
top
可以查看当前计算节点的任务。
此外，还有一个可视化查看的方法：https://mon.nju.edu.cn
进入grafana，在General/NVIDIA DCGM Exporter中，instance为m002:9400（也就是刚才那个m002）的GPU情况如下：
可以看出，上述任务15分钟不到就跑完了。
如果需要从计算节点m002返回到登录节点login1，则输入
exit
如果要下载文件，通过sz <文件路径>命令可以下载单个文件；或者通过Xftp传输管理；或者先通过图形界面（Xfce4）进行一些简单的数据结果查看，再把数据弄回来。
此外，亦可通过HPC账号集成的云盘来实现文件同步：集成云盘，其用法与Box云盘基本一致。