校内用户超算集群申请与基本使用简明指南（2024年以前，已过时）

本文将简述集群使用的基本过程，但是详细的操作和使用仍然需要仔细阅读 超级计算 使用说明。 
 关于scc.nju.edu.cn和access.nju.edu.cn的信息已经过时，请阅读最新版： 校内用户超算集群申请与基本使用简明指南（2024年后新版） 
 一、账号获取 
 
 新用户在 scc.nju.edu.cn 首页点击 注册账户 。 
 
 
 
 校内用户绑定统一身份认证：① “统一认证平台用户” 选择 “是” ；②点击 验证信息 ；③获取验证码，验证码通过邮箱发送。 
 
 
 
 填写表单，用户组输入导师账号名（不知道就去问课题组里），提交申请； 
 组长（即课题组里负责审批的人，如果不清楚也问组里）登录 scc.nju.edu.cn 自助审批新用户，通过后账号立刻生效，即可使用。 
 新用户再次登入 scc.nju.edu.cn ，即可进行一些账号信息的维护，包括重置密码、动态口令等。 
 
 
 
 
 如果组里之前没注册过相关账号，请联系姚老师： 
 
 二、登入资产 
 注册成功后，用注册成功的账号（不是统一身份认证）访问 access.nju.edu.cn ： 
 
 2.1、首次登入 
 首次登入会要求设置两步认证： 
 
 两步认证请另行参阅： eScience服务双重认证简明指南 
 按照需求使用一个验证器即可。但注意，如果没有备份和导出功能，手机一旦更换，这个设置也会失效（当然，你可以直接去 scc.nju.edu.cn 重置，如上文所说）。
下面以Microsoft Authenticator（绑定微软账号云端备份，推荐，但可能安卓/鸿蒙手机需要谷歌框架，不同机型如何打开或安装谷歌框架请直接百度）为例： 
 
 扫描二维码即可添加成功。 
 2.2、绑定成功后登入 
 打开前面的两步认证软件，点开对应 access.nju.edu.cn 的账号： 
 
 获取其中的一次性密码代码，登入 
 
 进入后，可以看见你的账户下分配的资产： 
 
 按照本页顶端的提示，安装ShtermClient之后，点击资产，会显示四个按钮： 
 
 
 ssh ：命令行登入，这个一般就足够了 
 
 sftp ：大量（数量多、体积大）文件传输 
 
 Xfce4 ：远程图形界面，可以简单进行一些文件操作 
 
 VNC ：远程图形界面 
 
 
 三、登录资产 
 3.1、SSH客户端登入：以Xshell为例 
 由于命令行一定是需要跨过去的坎，所以后面默认会主要使用ssh方式。
Windows下推荐使用Xshell（当然你有其他的客户端甚至是原生的Linux都可以）：
 家庭/学校免费 - NetSarang Website 
 安装完打开Xshell，点击左上角的 新建 来新建会话 
 
 设置自定义的名称之后，将 主机 设置为 access.nju.edu.cn （这是教育网/校园网入口）： 
 
 确定 后保存。 
 双击刚刚新建的会话，然后第一次连接可能会出现“SSH安全警告”，询问是否“接受此主机密码？”，接受并保存即可。 
 
 下一个可能弹出的页面中，会询问你的用户名（注意！ 不是统一身份认证 ，是你的集群上的用户名！），为了方便 可以勾选记住用户名 ： 
 
 下一步中，需要输入密码。密码请遵循 账户密码+两步认证 的格式，但是中间用空格空开。例如，账户密码为： qwerty ，此时两步认证软件软件内的代码为 123456 ，那么你这里需要填写 qwerty 123456 。千万 不要勾选记住密码 ，因为这个格式显然后半部分每次会变。 
 
 登入成功后，是 登录节点 。应当会这么显示： 
 
 
 友情提示——在这里改字体和大小： 
 
 在这里改配色方案： 
 
 对自己的眼睛好一点…… 
 
 扩展阅读：
 什么是SSH？SSH是如何工作的？ - 华为 
 3.2、更易用的文件传输：Xftp 
 集群支持sftp方式的文件传输。比起使用rz、sz等命令的方式，sftp客户端具有易用、直观的特点，适合传输多个、大批量的文件。Windows下，这里和Xshell配套的软件便是Xftp。 
 XFTP - NetSarang Website 
 Xftp使用参数： 
 
 主机：access.nju.edu.cn，默认端口22 
 协议：sftp 
 用户名：集群用户名 
 密码：和上面登入Xshell的密码一致 
 用户目录：如果你在上面ssh登入后，输入echo ~返回的是/fsa/home/集群用户名，那么sftp下用户目录就是/hpc_login1 sftp (10.1.0.101)/self/fsa/home/集群用户名 
 
 非Windows用户的SFTP方案见： SFTP登录（文件传输） 
 其他情况可以去 远程登录 文档内寻找答案。 
 四、Linux命令行使用 
 命令行五花八门，说到底，都是 命令 参数 （注意中间的空格）这种格式。 
 基本命令行参考： 
 
 
 
 命令 
 用途 
 
 
 
 
 ls <路径> 
 列出指定目录<路径>下的文件和文件夹 
 
 
 cd <路径> 
 切换到指定目录<路径> 
 
 
 mkdir <文件夹> 
 在当前目录创建一个叫<文件夹>的文件夹 
 
 
 vim <文件> 
 使用Vim编辑文本文件<文件>（脚本之类的），如果<文件>不存在，就创建它。Vim是一款非常强大的命令行编辑器，学习见： Linux vi/vim | 菜鸟教程 、 GitHub - wsdjeg/Learn-Vim_zh_cn 
 
 
 rz 和 sz <文件> 
 少量小文件传输和下载 
 
 
 tar 
 打包压缩与解压，可以用来打包或解压多个文件 
 
 
 cp 
 复制 
 
 
 mv 
 移动 
 
 
 rm 
 删除 
 
 
 
 上表只是告诉了你一个目录，具体各个命令如何使用你可以根据上述表来搜索学习。
在集群上为了提交作业，还需要知道 bsub 、 bjobs 等集群使用的lsf作业系统命令。这部分需要仔细阅读： https://doc.nju.edu.cn/books/efe93/page/4f4ad 
 尽管有SFTP软件可以免去大量Linux命令文件操作，但是还是建议稍微了解一些Linux的基础命令。 
 五、一个提交作业的演示 
 基本的脚本提交 
 以提交一个 DMI_pbc.mix 的mumax计算脚本为例：
ssh登入后，在登录节点上输入： 
 ls
 
 查看当前目录（登录节点的用户主目录）有些什么。 
 mkdir mumax_20221014
cd mumax_20221014
 
 第一行：创建一个 mumax_20221014 的文件夹（ m a k e dir ectory）管理这一次的计算任务 
 第二行：切换进刚刚创建的那个目录（ c hange d irectory） 
 rz
 
 唤起传输界面： 
 
 选择要上传的mumax计算脚本 DMI_pbc.mix 文件。 
 vim job.lsf
 
 创建一个 job.lsf 的作业提交脚本，并且参照 https://doc.nju.edu.cn/books/efe93/page/mumax 的示例写入： 
 #BSUB -q 723090ib
#BSUB -gpu num=1

mx3in=DMI_pbc.mix

module load cuda/11.2.0
/fs00/software/mumax/3.10-cuda11.0/mumax3 $mx3in
 
 第1行：作业参数，指定使用的计算队列 
 第2行：作业参数，指定使用的GPU数目 
 第4行： mx3in 变量设定为 DMI_pbc.mix ，当然你可以不叫这个变量名 
 第6行：载入 cuda-11.2.0 的依赖（见： https://doc.nju.edu.cn/books/efe93/page/nvidia ） 
 第7行：使用 mumax3 软件输入 mx3in 变量的值所表示的计算脚本 
 当然，如果上述流程实在用不习惯，也可以： 
 
 直接用Xfce4从图形界面登入，用文本编辑器修改 
 
 
 
 使用SFTP方案直接在本地修改，然后上传回去 
 
 
 无论是如何上传脚本， 从Windows上传回集群 最好用 dos2unix 命令来转换换行符，或者干脆在Windows下通过编辑器如VS Code自己的换行符切换来处理这个问题。 
 
 
 作业提交脚本本质上其实是shell脚本，因此 Shell 教程 | 菜鸟教程 也通用。 
 bsub < job.lsf
 
 将 job.lsf 通过 bsub 命令按照作业提交脚本的设定提交至 计算队列 。提交完成后会显示： 
 [hfd_jitz@login1 mumax_test_2]$ bsub < mumax_job.lsf 
Job <40999791> is submitted to queue <723090ib>.
 
 查看作业情况 
 bjobs
 
 可以查看你当前在跑的任务情况： 
 [hfd_jitz@login1 mumax_test_2]$ bjobs
JOBID USER STAT QUEUE JOB_NAME SUBMIT_TIME EXEC_HOST
40999791 hfd_jitz RUN 723090ib *x3 $mx3in Oct 14 22:08 6*m002
 
 任务ID： 40999791 
 计算队列： 723090ib 
 CPU核数： 6 （单GPU分配的默认值） 
 主机： m002 
 特别地，本例子是一个GPU任务，因此还可以这样查看GPU任务的运行情况： 
 ssh m002
 
 登入到计算节点（注意看 @ 前后的“host”已经从 login1 变为 m002 ）： 
 [hfd_jitz@login1 mumax_test_2]$ ssh m002
Last login: Fri Oct 14 11:37:26 2022 from m002
[hfd_jitz@m002 ~]$ 
 
 在计算节点执行 
 nvidia-smi
 
 可以查看GPU上的资源使用情况，对应的GPU编号即是你在使用的部分。
 
 top
 
 可以查看当前计算节点的任务。
 
 此外，还有一个可视化查看的方法： https://mon.nju.edu.cn 
 进入grafana，在 General/NVIDIA DCGM Exporter 中，instance为 m002:9400 （也就是刚才那个m002）的GPU情况如下： 
 
 可以看出，上述任务15分钟不到就跑完了。 
 如果需要从计算节点m002返回到登录节点login1，则输入 
 exit
 
 如果要下载文件，通过 sz <文件路径> 命令可以下载单个文件；或者通过Xftp传输管理；或者先通过图形界面（Xfce4）进行一些简单的数据结果查看，再把数据弄回来。 
 此外，亦可通过HPC账号集成的云盘来实现文件同步： 集成云盘 ，其用法与Box云盘基本一致。